当前解析结果
SmilChr01G002042| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002042 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002042 |
| 描述 | FK506-binding protein 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 36091412 - 36094285 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131022954 |
|---|---|
| GeneID | 131022954 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022954 |
| 原始查询 | LOC131022954 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | FK506-binding protein 2-like |
| 产物 | FK506-binding protein 2-like |
| Arabidopsis | AT5G48580 (FKBP15-2)FK506- and rapamycin-binding protein 15 kD-2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834915] identity=81.1; qcov=0.917; evalue=4.14e-82; confidence=high |
| Rice | Os01g0915800 (OsFKBP15-2)- identity=77.3; qcov=0.846; evalue=1.04e-75; confidence=high |
| GO | GO:0000413 (protein peptidyl-prolyl isomerization); GO:0003755 (peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity); GO:0061077 (GO:0061077) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00254 (FKBP_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022954 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057808479.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum lumen | 内质网腔 | 1.00000 | XP_057808479.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057808479.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808479.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808479.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:36091728 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B91,D11,D6,D7 |
Chr1:36091741 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B91,D6,D7 |
Chr1:36091743 |
CGA |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 39 | A1,B103,B105,B114,B124,B129,B132,B134,B137,B16,B2,B29,B47,B49,B50,B57,B60,B69,B70,B78,B79,B81,B91,B97,C12,C15,C24,C31,C42,C49,C55,C57,C6,C67,C75,D11,D6,D7,D9 |
Chr1:36091746 |
A |
ATT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 38 | A1,B103,B105,B114,B124,B129,B132,B134,B137,B2,B29,B47,B49,B50,B57,B60,B69,B70,B78,B79,B81,B91,B97,C12,C15,C24,C31,C42,C49,C55,C57,C6,C67,C75,D11,D6,D7,D9 |
Chr1:36091768 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B105,B114 |
Chr1:36092055 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B138,B27,B29,B66 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808479.1PF00254
FKBP_C 47-138 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808479.1 |
Pfam | PF00254 |
FKBP_C | Domain | 47 | 138 | 5.6e-39 | 133.1 | FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。