当前解析结果
SmilChr04G000771| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000771 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000771 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G000771 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 9478174 - 9483528 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131022962 |
|---|---|
| GeneID | 131022962 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022962 |
| 原始查询 | LOC131022962 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os08g0202300- identity=26.1; qcov=0.206; evalue=1.97e-15; confidence=weak |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity); GO:0015074 (DNA integration) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00075 (RNase_H); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF17921 (Integrase_H2C2); PF31073 (DUF8803) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022962 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057808484.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057808484.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057808484.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808484.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808484.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:9478190 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A23,B44,B8,C77 |
Chr4:9478200 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 20 | B108,B113,B117,B120,B33,B66,B67,B69,B79,C13,C14,C3,C34,C36,C37,C5,C72,C8,D1,D6 |
Chr4:9478203 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 12 | A1,A15,A23,B103,B11,B44,B65,B73,B91,C10,C48,C77 |
Chr4:9478225 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B114,B134,B44,B9 |
Chr4:9478225 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | B114,B134,B44,B9 |
Chr4:9478229 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B114,B134,B9 |
Chr4:9478234 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr4:9478240 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr4:9478266 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B44 |
Chr4:9478266 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr4:9478271 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,A23,B29 |
Chr4:9478273 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,A23,B109 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808484.1PF17919
RT_RNaseH_2 84-182 aa
PF17917
RT_RNaseH 114-211 aa
PF00075
RNase_H 243-355 aa
PF13456
RVT_3 247-363 aa
PF17921
Integrase_H2C2 454-503 aa
PF31073
DUF8803 675-715 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808484.1 |
Pfam | PF17919 |
RT_RNaseH_2 | Domain | 84 | 182 | 3e-18 | 66.4 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057808484.1 |
Pfam | PF17917 |
RT_RNaseH | Domain | 114 | 211 | 1.7e-13 | 51.3 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057808484.1 |
Pfam | PF00075 |
RNase_H | Domain | 243 | 355 | 1.9e-06 | 28.8 | RNase H |
XP_057808484.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 247 | 363 | 2e-12 | 47.8 | Reverse transcriptase-like |
XP_057808484.1 |
Pfam | PF17921 |
Integrase_H2C2 | Domain | 454 | 503 | 5.2e-09 | 36.8 | Integrase zinc binding domain |
XP_057808484.1 |
Pfam | PF31073 |
DUF8803 | Domain | 675 | 715 | 1.3e-11 | 44.9 | Domain of unknown function (DUF8803) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。