当前解析结果
SmilChr04G000773| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000773 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000773 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G000773 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 9491272 - 9494443 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131022964 |
|---|---|
| GeneID | 131022964 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022964 |
| 原始查询 | LOC131022964 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | ATMG00750- identity=66.1; qcov=0.057; evalue=1.35e-19; confidence=weak |
| Rice | Os08g0202300- identity=27.7; qcov=0.641; evalue=4.78e-63; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF17921 (Integrase_H2C2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022964 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057808487.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057808487.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057808487.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808487.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808487.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:9491292 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B17,B33 |
Chr4:9491293 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B15,C82,C9 |
Chr4:9491302 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A9,B109,B17,B33 |
Chr4:9491307 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B120,B40 |
Chr4:9491318 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B120,B40 |
Chr4:9491319 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr4:9491322 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B75,C81 |
Chr4:9491327 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C63,C67 |
Chr4:9491341 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B71,B80,C18,C31 |
Chr4:9491342 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B3,C47 |
Chr4:9491344 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B136,B39,C34,C82 |
Chr4:9491371 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A23,B124 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808487.1PF00078
RVT_1 220-306 aa
PF17919
RT_RNaseH_2 428-521 aa
PF17917
RT_RNaseH 448-551 aa
PF17921
Integrase_H2C2 656-713 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808487.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 220 | 306 | 8.6e-14 | 52.6 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057808487.1 |
Pfam | PF17919 |
RT_RNaseH_2 | Domain | 428 | 521 | 2e-27 | 95.9 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057808487.1 |
Pfam | PF17917 |
RT_RNaseH | Domain | 448 | 551 | 5e-34 | 117.3 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057808487.1 |
Pfam | PF17921 |
Integrase_H2C2 | Domain | 656 | 713 | 2.7e-11 | 44.1 | Integrase zinc binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。