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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002044

染色体: Chr01 坐标: 36177883-36180840 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002044
名称SmilChr01G002044
描述U-box domain-containing protein 9-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向36177883 - 36180840 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022968
GeneID131022968
locus_tag-
NCBI NameLOC131022968
原始查询LOC131022968

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述U-box domain-containing protein 9-like
产物U-box domain-containing protein 9-like
ArabidopsisAT3G07360 (PUB9)
plant U-box 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819924]
identity=52.1; qcov=1.03; evalue=2.37e-164; confidence=high
RiceOs02g0488600 (OsPUB8)
-
identity=46.4; qcov=0.842; evalue=1.47e-126; confidence=high
GOGO:0004842 (ubiquitin-protein transferase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016567 (protein ubiquitination)
KEGG-
PfamPF04564 (U-box)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022968

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057808494.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057808494.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057808494.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808494.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808494.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808494.1
456 aa
N
1
228
456
U-box
C
PF04564 U-box 75-143 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808494.1 Pfam PF04564 U-box Domain 75 143 2.2e-22 79.7 U-box domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952511.1
TTGCCAGCTGTCCAGCCATGGATGAGTGATTGCGTAACCCAGGCTCCTCGTCTCGTCTCGTCTCGTCTCGTCCATGACCACGCCTTTCTCTACAAAACCCCAAAACCAAAACCATCACCCACCACTTAACTCTCTCATTCGTATTCCACACTTCACTCACAACACAACCCCGCTTTCCTCAGACACAGTGAGAAAATTGTGTGAATCATATGCCGCGGGTTGCGGAGGGCTGAGTTGATATGGCCAAGAGCGGGGTGTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022968
ATGGCCAAGAGCGGGGTGTTCGAAGGGGATCGGGTGATGGTGGTCAAGGCCGTGGAGTTGAGGAAGGAGCTGCAGAAGCTGTTGAGGGCGATTGTGGAGGAGGACGACGTCAATCTGGAGGCGCTCGATAGGGCGCAGCAAATGCTCTTGCTGTTGAAGGAATTGAAGCTGAAGAAGACGGCTGATTTGGAGCTCCGCCGTCAGGATGTCATCCCCGCCACGGTGCCGGAGGAGTTCAAGTGCCCGCTCTCCAAGAAACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808494.1
MAKSGVFEGDRVMVVKAVELRKELQKLLRAIVEEDDVNLEALDRAQQMLLLLKELKLKKTADLELRRQDVIPATVPEEFKCPLSKKLMRDPVILSTGVTYDRPFIQNWLKSGKRTCPKTEQVLSHTVLIPNHLIREMITNWCKIRGIELPECKYNDEEAYSEEDQEAFISLLEKMSSTLFEQKEAAKKLRQLTKRTPSIRVLFADRENAVSQLVAPFAQPNIQDHPDLQEDIITTILNISIHDNNKKRVAETPTVIPILK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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