Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000828`

染色体: Chr04 坐标: 10436961-10437734 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000828`
名称	SmilChr04G000828
描述	uncharacterized SmilChr04G000828
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	10436961 - 10437734 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022979`
GeneID	`131022979`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022979`
原始查询	`LOC131022979`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0315200` - identity=36.1; qcov=0.658; evalue=2.06e-27; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03732 (PEG10_N-capsid); PF19259 (Ty3_capsid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022979

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057808501.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057808501.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057808501.1`
4	Nuclear body	核内小体	0.20000	`XP_057808501.1`
5	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057808501.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:10436991`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B18,B39,B85,C22,C73
`Chr4:10437006`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,B77,C41,C72
`Chr4:10437034`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B39,B85,C25,C73
`Chr4:10437045`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,B94,C80
`Chr4:10437078`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	11	B115,B26,B55,C26,C34,C39,C40,C48,C7,C78,C87
`Chr4:10437084`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	6	B104,B33,C30,C56,C57,D9
`Chr4:10437087`	`CCT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	B104,B33,C30,C56,C57,D9
`Chr4:10437165`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B10,B122
`Chr4:10437165`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B122
`Chr4:10437171`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C24
`Chr4:10437198`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	12	B105,B120,B14,B22,B43,B59,B94,C11,C23,C4,C44,C87
`Chr4:10437211`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	29	A13,A25,A6,A7,B10,B11,B111,B14,B43,B49,B60,B68,B71,B80,B84,C2,C20,C23,C35,C45,C58,C68,C70,C75,C8,C82,D1,D2,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808501.1

257 aa

128

257

Ty3_capsid

PEG10_N-capsid

PF19259 Ty3_capsid 40-212 aa PF03732 PEG10_N-capsid 41-120 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808501.1`	Pfam	`PF19259`	Ty3_capsid	Domain	40	212	7.2e-11	42.6	Ty3 transposon capsid-like protein
`XP_057808501.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	41	120	1e-12	48.9	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952518.1
ATGCCGCCGAGAATGAGATATAGAAATCAAGAAGAGGAAGAGGAAGAACAAAGAGAGCCTACGCCACCACCACCTCATCCACAGCCAGAAAGAAGGATAGAAGAACTCTTTTTGAGGCAAAATCCACCTACCTTCAACGGGTCTGGAGATCCTGCTGAAACTGAAGAATGGATAAGAAACATGGACCAAATCTTTAGATTTCTTCGATGTGATGATCCCGAGCGTCTTATGTGTATGTCATATAAGCTTAAGGGGCCAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022979
ATGCCGCCGAGAATGAGATATAGAAATCAAGAAGAGGAAGAGGAAGAACAAAGAGAGCCTACGCCACCACCACCTCATCCACAGCCAGAAAGAAGGATAGAAGAACTCTTTTTGAGGCAAAATCCACCTACCTTCAACGGGTCTGGAGATCCTGCTGAAACTGAAGAATGGATAAGAAACATGGACCAAATCTTTAGATTTCTTCGATGTGATGATCCCGAGCGTCTTATGTGTATGTCATATAAGCTTAAGGGGCCAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808501.1
MPPRMRYRNQEEEEEEQREPTPPPPHPQPERRIEELFLRQNPPTFNGSGDPAETEEWIRNMDQIFRFLRCDDPERLMCMSYKLKGPADFWWEAKQKTMTPEQMAALTWEQFKTALCEKYVPRSYRKKKETEFVNLRQGNKTVTEYDRLFCDLARYAPYRVDTDEKMSELFYPGLKQEIRVVLASQSALTYAEALNRALDMELAMQPEKTSQTSVPQSNPNPQRGNQPFSGQGQKGKRKWEDRSQEFKKPWQHQNAPP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器