Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000935`

染色体: Chr04 坐标: 12215541-12216890 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000935`
名称	SmilChr04G000935
描述	uncharacterized SmilChr04G000935
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	12215541 - 12216890 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023010`
GeneID	`131023010`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023010`
原始查询	`LOC131023010`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03078 (ATHILA)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023010

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808530.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057808530.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057808530.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808530.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808530.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:12215555`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B127,B44,B57,C24
`Chr4:12215556`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C5,C56
`Chr4:12215565`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B102,C69
`Chr4:12215568`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B15
`Chr4:12215570`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,D6
`Chr4:12215575`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B31,B61,B7,C51
`Chr4:12215599`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B134,B65,B77
`Chr4:12215612`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	44	A11,A2,A24,A3,B101,B105,B107,B109,B132,B138,B139,B20,B24,B41,B47,B5,B72,B73,B78,B79,B80,B82,B89,B90,B93,B99,C11,C16,C17,C22,C3,C30,C34,C4,C41,C42,C52,C59,C60,C61,C69,C84,C86,C9
`Chr4:12215613`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B16,C46
`Chr4:12215620`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A9
`Chr4:12215644`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B70,B87,C52,C54
`Chr4:12215657`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,C16,C28,C33,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808530.1

449 aa

224

449

ATHILA

PF03078 ATHILA 275-446 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808530.1`	Pfam	`PF03078`	ATHILA	Domain	275	446	2.8e-09	37.1	ATHILA ORF-1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952547.1
ATGGCAAAGACTAAGGGTGAAACCGGTTCTGGAAGCACTCAACCTCCGACAAGGAAAAAGACCACCAAACCCCGGCCTCCGACGAAACGAACCACTAGACGAACCACGTCCGAGGAAACTTCTATCAAAGGTACTGAAGAGCCGGTCATAGCCAGTCAGACGGAGGAGAAAGGGCTAGAAGATGCCCCTGCAGTGGAAGAATGTGAGGTTGAGAAGGAAACCTCGGAGGAGATGATCGAGGTGTCGGAAAAACCCATGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023010
ATGGCAAAGACTAAGGGTGAAACCGGTTCTGGAAGCACTCAACCTCCGACAAGGAAAAAGACCACCAAACCCCGGCCTCCGACGAAACGAACCACTAGACGAACCACGTCCGAGGAAACTTCTATCAAAGGTACTGAAGAGCCGGTCATAGCCAGTCAGACGGAGGAGAAAGGGCTAGAAGATGCCCCTGCAGTGGAAGAATGTGAGGTTGAGAAGGAAACCTCGGAGGAGATGATCGAGGTGTCGGAAAAACCCATGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808530.1
MAKTKGETGSGSTQPPTRKKTTKPRPPTKRTTRRTTSEETSIKGTEEPVIASQTEEKGLEDAPAVEECEVEKETSEEMIEVSEKPMEEEQPAPTPPIKKPRKAMKKSTPAQTAKEREPTTVLPRPPAPSLEEGKTATESEKGEEEGEEATHETEVEASTPQSKVVKIGAKRKLDVTKPPLPTKTKPAAAGSKTKGKEVQSKARKATPAEKGKGKQDEEDPERTETVDSSRSEDVLAPKKPTSSTATTAKPKLTKQKGLIR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器