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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000989

染色体: Chr04 坐标: 13425042-13425779 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000989
名称SmilChr04G000989
描述secreted RxLR effector protein 161-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向13425042 - 13425779 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023033
GeneID131023033
locus_tag-
NCBI NameLOC131023033
原始查询LOC131023033

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述secreted RxLR effector protein 161-like
产物secreted RxLR effector protein 161-like
ArabidopsisAT4G23160 (CRK8)
cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415]
identity=35.8; qcov=0.731; evalue=3.71e-27; confidence=medium
RiceOs08g0125300
-
identity=39; qcov=0.91; evalue=8.76e-39; confidence=medium
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023033

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057808554.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057808554.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057808554.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808554.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808554.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:13425299 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr4:13425305 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B133,B36,B86,C25,C63
Chr4:13425312 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B30,C27,C5
Chr4:13425454 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr4:13425463 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B85,B91,C35
Chr4:13425501 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B85,C45
Chr4:13425525 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B85,C30,C45
Chr4:13425556 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B80,C37
Chr4:13425563 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr4:13425565 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B85,C30,C45
Chr4:13425569 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B80,C37
Chr4:13425580 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,C16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952571.1
ATGAAAAGGATCCCATATGCTTCTGCTATAGGATCGATAATGTATGCCATGACATCTACTAGGCCAGATGTGGCATATGCGCTTAGCATGACAGGCAGATTTCAGCAAAATCCCGGTGATGTACATTGGAGAACTGTCAAGACTATTCTAAAGTACCTTAGAAGGACTAAAGAATACTTCTTAGTCTATGGTGGACAGTCAGAGTTATCAGTTACTGGGTATACTGATGCTAGCTTCCAAACAGACCATGATGACTATAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023033
ATGAAAAGGATCCCATATGCTTCTGCTATAGGATCGATAATGTATGCCATGACATCTACTAGGCCAGATGTGGCATATGCGCTTAGCATGACAGGCAGATTTCAGCAAAATCCCGGTGATGTACATTGGAGAACTGTCAAGACTATTCTAAAGTACCTTAGAAGGACTAAAGAATACTTCTTAGTCTATGGTGGACAGTCAGAGTTATCAGTTACTGGGTATACTGATGCTAGCTTCCAAACAGACCATGATGACTATAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808554.1
MKRIPYASAIGSIMYAMTSTRPDVAYALSMTGRFQQNPGDVHWRTVKTILKYLRRTKEYFLVYGGQSELSVTGYTDASFQTDHDDYKSQSGYVFILNGGAVSWNSSKQSTTADSTTEAEYIAASEAAKEAVALLEFVKELGVIPSTNCAIPLYCDNTGAVAQAKEPRPTNRNKHIPRRYHMIREIIERGDVKLERVPTDDNLADPFTKPLCIAKHNKHFESLGVRHVGSWLLFCGSFGLNVLETI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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