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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002055

染色体: Chr01 坐标: 36330696-36335084 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002055
名称SmilChr01G002055
描述endoplasmic reticulum oxidoreductin-1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向36330696 - 36335084 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023035
GeneID131023035
locus_tag-
NCBI NameLOC131023035
原始查询LOC131023035

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述endoplasmic reticulum oxidoreductin-1-like
产物endoplasmic reticulum oxidoreductin-1-like
ArabidopsisAT1G72280 (ERO1)
endoplasmic reticulum oxidoreductins 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843560]
identity=73.2; qcov=0.92; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0733800 (ERO1)
-
identity=76.7; qcov=0.85; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0015035 (protein-disulfide reductase activity); GO:0016972 (thiol oxidase activity); GO:0034975 (protein folding in endoplasmic reticulum); GO:0071949 (FAD binding)
KEGGsmil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04137 (ERO1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023035

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057808556.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057808556.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808556.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808556.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808556.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:36330735 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D10
Chr1:36330735 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:36330796 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:36330804 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:36330840 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B47
Chr1:36330840 C CAA 2bp_insertion CDS_variant 1 B47
Chr1:36331697 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,B18
Chr1:36331787 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D9
Chr1:36331787 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr1:36332170 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B51,C12,C31,D10,D4
Chr1:36332579 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B60,C47,C62
Chr1:36333649 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808556.1
484 aa
N
1
242
484
ERO1
C
PF04137 ERO1 85-435 aa
XP_057808562.1
483 aa
N
1
242
483
ERO1
C
PF04137 ERO1 85-434 aa
XP_057808565.1
478 aa
N
1
239
478
ERO1
C
PF04137 ERO1 85-435 aa
XP_057808568.1
477 aa
N
1
238
477
ERO1
C
PF04137 ERO1 85-434 aa
XP_057808570.1
414 aa
N
1
207
414
ERO1
C
PF04137 ERO1 30-365 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808556.1 Pfam PF04137 ERO1 Family 85 435 8.8e-116 387.6 Endoplasmic Reticulum Oxidoreductin 1 (ERO1)
XP_057808562.1 Pfam PF04137 ERO1 Family 85 434 2e-116 389.7 Endoplasmic Reticulum Oxidoreductin 1 (ERO1)
XP_057808565.1 Pfam PF04137 ERO1 Family 85 435 8.4e-116 387.7 Endoplasmic Reticulum Oxidoreductin 1 (ERO1)
XP_057808568.1 Pfam PF04137 ERO1 Family 85 434 2e-116 389.8 Endoplasmic Reticulum Oxidoreductin 1 (ERO1)
XP_057808570.1 Pfam PF04137 ERO1 Family 30 365 3e-107 359.5 Endoplasmic Reticulum Oxidoreductin 1 (ERO1)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952582.1
ATGGCCGAAGCTAAAGCTGTTGATGGTGGTAAGAAAAAACAGTTGAAGAAATTGAAAGAGGGAAAAGGTGGAATGAGGAAATTGGCAGCAATTGGGGCAGCTTTGGTGGTGGTGGTAGCCATCGCTATAACGTACAATCATGCTCAAATTCACAAGTCTTGCCATTGTTCTCAGGATGCTCGTAAGTATACTGGCATTGTTGAGGACTGCTGCTGTGATTATGAGACGGTGGATGGTGTTAATGGGGTTGTACTGTACCC...
XM_057952573.1
ATGGCCGAAGCTAAAGCTGTTGATGGTGGTAAGAAAAAACAGTTGAAGAAATTGAAAGAGGGAAAAGGTGGAATGAGGAAATTGGCAGCAATTGGGGCAGCTTTGGTGGTGGTGGTAGCCATCGCTATAACGTACAATCATGCTCAAATTCACAAGTCTTGCCATTGTTCTCAGGATGCTCGTAAGTATACTGGCATTGTTGAGGACTGCTGCTGTGATTATGAGACGGTGGATGGTGTTAATGGGGTTGTACTGTACCC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131023035
ATGGCCGAAGCTAAAGCTGTTGATGGTGGTAAGAAAAAACAGTTGAAGAAATTGAAAGAGGGAAAAGGTGGAATGAGGAAATTGGCAGCAATTGGGGCAGCTTTGGTGGTGGTGGTAGCCATCGCTATAACGTACAATCATGCTCAAATTCACAAGTCTTGCCATTGTTCTCAGGATGCTCGTAAGTATACTGGCATTGTTGAGGACTGCTGCTGTGATTATGAGACGGTGGATGGTGTTAATGGGGTTGTACTGTACCC...
LOC131023035
ATGGCCGAAGCTAAAGCTGTTGATGGTGGTAAGAAAAAACAGTTGAAGAAATTGAAAGAGGGAAAAGGTGGAATGAGGAAATTGGCAGCAATTGGGGCAGCTTTGGTGGTGGTGGTAGCCATCGCTATAACGTACAATCATGCTCAAATTCACAAGTCTTGCCATTGTTCTCAGGATGCTCGTAAGTATACTGGCATTGTTGAGGACTGCTGCTGTGATTATGAGACGGTGGATGGTGTTAATGGGGTTGTACTGTACCC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057808556.1
MAEAKAVDGGKKKQLKKLKEGKGGMRKLAAIGAALVVVVAIAITYNHAQIHKSCHCSQDARKYTGIVEDCCCDYETVDGVNGVVLYPLLQDLVQTPFFRYFKVKLRCDCPFWPDDGMCKLRDCSVCECPENEFPGPFKRPIQYGLPSDDLKCQEGKPQAAVNRTLDSKAFRGGWIEVDNPWTLDDMTDNSEMTYVNLQLNPERYTGYTGPSATRIWDAIYSENCPKYPSGEICQEKKVLYKLISGLHSSISIHIAADYLV...
XP_057808562.1
MAEAKAVDGGKKKQLKKLKEGKGGMRKLAAIGAALVVVVAIAITYNHAQIHKSCHCSQDARKYTGIVEDCCCDYETVDGVNGVVLYPLLQDLVQTPFFRYFKVKLRCDCPFWPDDGMCKLRDCSVCECPENEFPGPFKRPIQYGLPSDDLKCQEGKPQAAVNRTLDSKAFRGGWIEVDNPWTLDDMTDNSEMTYVNLQLNPERYTGYTGPSATRIWDAIYSENCPKYPSGEICQEKKVLYKLISGLHSSISIHIAADYLV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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