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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001061

染色体: Chr04 坐标: 15183891-15184523 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001061
名称SmilChr04G001061
描述uncharacterized SmilChr04G001061
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向15183891 - 15184523 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023055
GeneID131023055
locus_tag-
NCBI NameLOC131023055
原始查询LOC131023055

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023055

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057808580.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057808580.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057808580.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808580.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808580.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:15183909 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 56 A13,A18,A2,A21,A25,A7,A8,B1,B10,B107,B112,B118,B119,B120,B123,B124,B13,B132,B136,B14,B140,B16,B24,B25,B38,B39,B46,B47,B62,B68,B70,B71,B73,B75,B79,B8,B87,B91,B99,C13,C21,C32,C39,C47,C48,C53,C59,C61,C65,C68,C75,C78,C84,C86,C87,D9
Chr4:15183914 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,B35,B7,D3
Chr4:15183919 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,B38,B39
Chr4:15183925 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr4:15183926 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr4:15183941 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr4:15183950 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B128,B92,D9
Chr4:15184051 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,B66
Chr4:15184057 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr4:15184067 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B71,B77
Chr4:15184088 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 103 A10,A11,A2,A20,A24,A5,A6,B100,B101,B103,B105,B106,B107,B110,B121,B127,B13,B130,B131,B134,B135,B138,B139,B14,B15,B17,B22,B26,B28,B29,B33,B36,B38,B39,B4,B40,B45,B47,B48,B49,B52,B55,B56,B57,B59,B6,B60,B61,B64,B65,B68,B72,B74,B76,B77,B85,B88,B9,B90,B92,B94,B96,C1,C10,C12,C15,C18,C21,C22,C23,C24,C25,C27,C29,C31,C33,C37,C38,C4,C40,C49,C5,C50,C51,C54,C55,C56,C60,C61,C63,C64,C66,C70,C71,C73,C74,C77,C80,C86,C87,D1,D11,D4
Chr4:15184101 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952597.1
ATGGACATCAAGCAGGATCAGAACGAAACACTACGGGAGTATACTGCCCGGTTCAATCTCGCTGCTCTGGAAGTGCCAGAGGCGGAATCCCAAATCAAGAATTGTGCTTATGTCAGAGGGCTAAAGCCGGGGCTCTTCTTTGATGAGCTTCAAATCAGACCGGCTAGGGACTTTGACGATATCATGTCTAGACTACCAGGGTATTTACAGCTGGAGGATGCCAGGATGGCAAGAAAAGCCGAAGACAACAAACATAAGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023055
ATGGACATCAAGCAGGATCAGAACGAAACACTACGGGAGTATACTGCCCGGTTCAATCTCGCTGCTCTGGAAGTGCCAGAGGCGGAATCCCAAATCAAGAATTGTGCTTATGTCAGAGGGCTAAAGCCGGGGCTCTTCTTTGATGAGCTTCAAATCAGACCGGCTAGGGACTTTGACGATATCATGTCTAGACTACCAGGGTATTTACAGCTGGAGGATGCCAGGATGGCAAGAAAAGCCGAAGACAACAAACATAAGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808580.1
MDIKQDQNETLREYTARFNLAALEVPEAESQIKNCAYVRGLKPGLFFDELQIRPARDFDDIMSRLPGYLQLEDARMARKAEDNKHKTPCKGLPPRVPPPQAEGPPRQQRTVNEVTRFDEYTPLNKTPEEIFHLIKNQPFFKAPGTYRDGQPQQGPNNKLCEYHNAYGHFTKHCGHLKYQLEFLVRAGNLHQFIVRRNETQAQRPQQRNVT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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