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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001118

染色体: Chr04 坐标: 16188334-16188984 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001118
名称SmilChr04G001118
描述uncharacterized SmilChr04G001118
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向16188334 - 16188984 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023068
GeneID131023068
locus_tag-
NCBI NameLOC131023068
原始查询LOC131023068

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
产物hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs08g0315200
-
identity=34.5; qcov=0.537; evalue=6.09e-14; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023068

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057808594.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057808594.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057808594.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057808594.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808594.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:16188349 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr4:16188355 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr4:16188360 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr4:16188418 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr4:16188489 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B39,B91,D6
Chr4:16188628 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr4:16188715 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr4:16188727 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr4:16188753 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 29 A1,A11,A3,B11,B115,B118,B12,B122,B123,B133,B137,B24,B32,B44,B50,B53,B6,B93,C14,C24,C33,C34,C41,C42,C63,C67,C71,C82,C83
Chr4:16188883 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 21 A16,A7,B122,B129,B131,B44,B55,B76,B81,B91,B92,C21,C26,C28,C34,C37,C49,C71,C75,D2,D5
Chr4:16188884 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 33 A19,A3,A5,B101,B106,B109,B112,B114,B128,B13,B140,B26,B32,B33,B41,B43,B52,B60,B68,B86,C10,C2,C3,C39,C41,C46,C52,C55,C68,C82,D10,D11,D7
Chr4:16188887 A ATG 2bp_insertion frameshift_variant 33 A19,A3,A5,B101,B106,B109,B112,B114,B128,B13,B140,B26,B32,B33,B41,B43,B52,B60,B68,B86,C10,C2,C3,C39,C41,C46,C52,C55,C68,C82,D10,D11,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952611.1
ATGACCGAACAAGCGCGACAAGGGTTGACATGGAATAGGTTCAAGGAGATTGTGACCAACCAATACTTTCCACGCTCTTACCGCAATCAAAAGGAGGTCGAATTCTTGGATCTCAAACAAGGAGAGTTGTCTATCACCGACTACGAAAGGAAGTTCAACCAACTTTCACGCTATGCCACACGTCTAGTCAACACCAATGACCAAAAGGCGGATAGGTTCTTAAGGGGACTACGACCAGAAATTCGAGGAATATTGGCGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023068
ATGACCGAACAAGCGCGACAAGGGTTGACATGGAATAGGTTCAAGGAGATTGTGACCAACCAATACTTTCCACGCTCTTACCGCAATCAAAAGGAGGTCGAATTCTTGGATCTCAAACAAGGAGAGTTGTCTATCACCGACTACGAAAGGAAGTTCAACCAACTTTCACGCTATGCCACACGTCTAGTCAACACCAATGACCAAAAGGCGGATAGGTTCTTAAGGGGACTACGACCAGAAATTCGAGGAATATTGGCGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808594.1
MTEQARQGLTWNRFKEIVTNQYFPRSYRNQKEVEFLDLKQGELSITDYERKFNQLSRYATRLVNTNDQKADRFLRGLRPEIRGILAAQGIEDYALAVRRAQEVEAGLEMDKLPRKNMVRNEKRKWDDSNDGEQDMQNKKERVENKSNEAPQRTYPQCPECNKYHLGKCMIRSGVCYFCHKPGHIAPYCPDKRGREPERRGNARLYHMGGPDEAEKP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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