当前解析结果
SmilChr04G001118| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001118 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001118 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G001118 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 16188334 - 16188984 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023068 |
|---|---|
| GeneID | 131023068 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023068 |
| 原始查询 | LOC131023068 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os08g0315200- identity=34.5; qcov=0.537; evalue=6.09e-14; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023068 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057808594.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057808594.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057808594.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057808594.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808594.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:16188349 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B136 |
Chr4:16188355 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B136 |
Chr4:16188360 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B136 |
Chr4:16188418 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr4:16188489 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B39,B91,D6 |
Chr4:16188628 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr4:16188715 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C31 |
Chr4:16188727 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C31 |
Chr4:16188753 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 29 | A1,A11,A3,B11,B115,B118,B12,B122,B123,B133,B137,B24,B32,B44,B50,B53,B6,B93,C14,C24,C33,C34,C41,C42,C63,C67,C71,C82,C83 |
Chr4:16188883 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 21 | A16,A7,B122,B129,B131,B44,B55,B76,B81,B91,B92,C21,C26,C28,C34,C37,C49,C71,C75,D2,D5 |
Chr4:16188884 |
TCG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 33 | A19,A3,A5,B101,B106,B109,B112,B114,B128,B13,B140,B26,B32,B33,B41,B43,B52,B60,B68,B86,C10,C2,C3,C39,C41,C46,C52,C55,C68,C82,D10,D11,D7 |
Chr4:16188887 |
A |
ATG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 33 | A19,A3,A5,B101,B106,B109,B112,B114,B128,B13,B140,B26,B32,B33,B41,B43,B52,B60,B68,B86,C10,C2,C3,C39,C41,C46,C52,C55,C68,C82,D10,D11,D7 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。