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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001288

染色体: Chr04 坐标: 20552891-20554033 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001288
名称SmilChr04G001288
描述uncharacterized SmilChr04G001288
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向20552891 - 20554033 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023126
GeneID131023126
locus_tag-
NCBI NameLOC131023126
原始查询LOC131023126

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023126

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057808652.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057808652.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057808652.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808652.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808652.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:20552912 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr4:20552923 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B140,B52,C64,C81
Chr4:20552929 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr4:20552945 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr4:20552950 CGA C 2bp_deletion frameshift_variant 6 B85,C24,C48,C54,C59,C64
Chr4:20552968 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B71,D11
Chr4:20552977 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C74,D6
Chr4:20552980 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B139,B63,B91,C5
Chr4:20552983 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B13,C60,D5
Chr4:20552995 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,B73
Chr4:20552999 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69
Chr4:20553012 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 61 A16,A3,A7,B103,B106,B115,B118,B12,B121,B13,B131,B134,B135,B16,B18,B26,B27,B3,B30,B40,B41,B52,B53,B55,B57,B60,B67,B70,B71,B76,B78,C11,C13,C14,C2,C22,C25,C28,C30,C33,C34,C4,C5,C54,C57,C58,C59,C60,C62,C65,C69,C7,C78,C8,C80,C81,C82,C83,D1,D7,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952669.1
ATGGCAACTGATGCCCTGCAGACCATGCGTCAGCTGGCATTCCCGACTGACCTGAACCTGAAGCCCAGCGGTATAACCTTACCGACCATCGAAGGCCGGTATGAGCTGAAGACAGACCTGATCCAACTCATGTCCAAATTCCATGGCATACTTGAAGATGATCCAATCACACATCTCCGAGACTTCGAGATGATATGCTCTACGGAGGATAACCAGGCGTCCATGGGAGAATACATTAGGTTGCTCTTGTTTCTTTTCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023126
ATGGCAACTGATGCCCTGCAGACCATGCGTCAGCTGGCATTCCCGACTGACCTGAACCTGAAGCCCAGCGGTATAACCTTACCGACCATCGAAGGCCGGTATGAGCTGAAGACAGACCTGATCCAACTCATGTCCAAATTCCATGGCATACTTGAAGATGATCCAATCACACATCTCCGAGACTTCGAGATGATATGCTCTACGGAGGATAACCAGGCGTCCATGGGAGAATACATTAGGTTGCTCTTGTTTCTTTTCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808652.1
MATDALQTMRQLAFPTDLNLKPSGITLPTIEGRYELKTDLIQLMSKFHGILEDDPITHLRDFEMICSTEDNQASMGEYIRLLLFLFTLQGSARKWYYGLTAGSVTTWAEMQQKFLERYYSAAKVFSMRRTLQNIKQGELESFYEYWSRFKGLLEECPHHQIPEYNLVEYFITGLKKYEKKLVIAACGGSMFDKTPKDVLQVIECMATKLGAYECNLEVPKNVENGNLNELKKEIMELKQLVVVLITPENVRQCGPDHMTE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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