Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001395`

染色体: Chr04 坐标: 22748569-22749117 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001395`
名称	SmilChr04G001395
描述	phenolic glucoside malonyltransferase 1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	22748569 - 22749117 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023163`
GeneID	`131023163`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023163`
原始查询	`LOC131023163`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	phenolic glucoside malonyltransferase 1-like
产物	phenolic glucoside malonyltransferase 1-like
Arabidopsis	`AT5G39050` (PMAT1) HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833897] identity=36; qcov=0.945; evalue=5.66e-25; confidence=medium
Rice	`Os02g0820400` - identity=36.8; qcov=0.94; evalue=2.51e-28; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF02458 (Transferase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023163

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057808691.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057808691.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808691.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808691.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808691.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:22748577`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr4:22748598`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B50,B74,C56
`Chr4:22748611`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr4:22748622`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	26	A16,A19,A5,B10,B108,B11,B140,B2,B36,B47,B50,B63,B69,B76,B83,B84,B95,B99,C26,C54,C55,C75,C84,C87,D3,D8
`Chr4:22748637`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B140,B24,C39,C75,C82
`Chr4:22748716`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	B35,C16,C62,D3
`Chr4:22748716`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B35,C16,C62,D3
`Chr4:22748721`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B35,C16,C62,D3
`Chr4:22748729`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B41,B50
`Chr4:22748763`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:22748765`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:22748775`	`ATT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	23	A14,A16,A19,A5,B10,B108,B11,B140,B17,B2,B29,B36,B47,B50,B63,B84,B99,C54,C55,C75,C84,D3,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808691.1

182 aa

182

Transferase

PF02458 Transferase 6-175 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808691.1`	Pfam	`PF02458`	Transferase	Family	6	175	9.7e-18	64.8	Transferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952708.1
ATGCCTGAATTGGGCGACGTTTCATCTTTCACGGTGATCACTGCTTACGTTCAGATTTGTATGTTGAAAGCAGATGCCTCTTCCGAGGAAGATGAGCTAGCCTACTTCGGTTTCGCCGCAGATTGCCGTGGACGTCTGGATCCACCGCTGCCGGAATTTTACTTCGGAAATTGCTTAGTTTTCGTGATTGCAGAATCTCGGCGCGGATCGCTGAAGAACAAGGACGGATTTCTGATTGTTGTGGAGAGTATACGAGAGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023163
ATGCCTGAATTGGGCGACGTTTCATCTTTCACGGTGATCACTGCTTACGTTCAGATTTGTATGTTGAAAGCAGATGCCTCTTCCGAGGAAGATGAGCTAGCCTACTTCGGTTTCGCCGCAGATTGCCGTGGACGTCTGGATCCACCGCTGCCGGAATTTTACTTCGGAAATTGCTTAGTTTTCGTGATTGCAGAATCTCGGCGCGGATCGCTGAAGAACAAGGACGGATTTCTGATTGTTGTGGAGAGTATACGAGAGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808691.1
MPELGDVSSFTVITAYVQICMLKADASSEEDELAYFGFAADCRGRLDPPLPEFYFGNCLVFVIAESRRGSLKNKDGFLIVVESIREAIQRNLYSDGGILETTDWPLDFKRFSGKCVVSVAGSPRFDVYEADFGWGKARKQEFVHLDGEERSISLGKSRDFEGGFEIGLSRNKAEMDEQGEVG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器