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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001473

染色体: Chr04 坐标: 24171499-24179498 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001473
名称SmilChr04G001473
描述uncharacterized SmilChr04G001473
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向24171499 - 24179498 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023182
GeneID131023182
locus_tag-
NCBI NameLOC131023182
原始查询LOC131023182

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023182

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057808711.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057808711.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057808711.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808711.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808711.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:24172377 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr4:24172383 A AAT 2bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 15 A6,B100,B103,B126,B16,B18,B32,B95,C22,C28,C35,C38,C40,C59,C85
Chr4:24172418 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 11 A21,A24,B1,B2,B35,B49,B68,B90,B92,C21,C73
Chr4:24174205 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,B2
Chr4:24174211 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr4:24174236 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B51,B80
Chr4:24174343 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 30 A9,B121,B129,B17,B47,B51,B53,B61,B63,B66,B67,B69,B71,B72,B78,B88,B93,C22,C24,C29,C35,C41,C44,C5,C52,C8,C87,D1,D4,D9
Chr4:24174360 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 5 A2,B30,B82,B98,C24
Chr4:24174360 TG T 1bp_deletion CDS_variant 5 A2,B30,B82,B98,C24
Chr4:24174370 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C46
Chr4:24174391 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 128 A1,A13,A14,A15,A18,A19,A20,A23,A25,A3,A7,A9,B101,B102,B103,B108,B109,B11,B113,B117,B118,B119,B12,B121,B122,B123,B124,B127,B128,B130,B131,B138,B139,B14,B15,B16,B17,B19,B21,B29,B3,B31,B32,B34,B4,B46,B47,B49,B5,B53,B58,B59,B63,B64,B65,B66,B67,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B81,B83,B84,B86,B89,B90,B92,B93,B94,B95,C10,C11,C12,C13,C16,C17,C18,C20,C21,C22,C23,C24,C28,C33,C34,C35,C38,C4,C41,C42,C43,C44,C46,C48,C5,C51,C52,C53,C54,C57,C59,C61,C67,C68,C7,C72,C73,C74,C75,C78,C83,C86,C87,C9,D11,D5,D6,D9
Chr4:24179457 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B138,B77,C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952728.1
ATGGAGGTGGAGAGCTCAGCGGTGGTTGGTGGCGGCAGCTCGTCGCTGCTGCGCCTCCGACTTTTTTATTTTATTTTACTCCTACTTCCACCTACTCCATTTTTTAAAAAAAAAACATCAACATCACCACCCACTTCCACCACCAACATCACCATCAATCCCTTGCACTATACCTATTACAGCACACTCCATGCTTCTACAAATTCATTGACATACTTTAGTCATTCTCATCCATTTCATCACAAACCCTCACGCAATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023182
ATGGAGGTGGAGAGCTCAGCGGTGGTTGGTGGCGGCAGCTCGTCGCTGCTGCGCCTCCGACTTTTTTATTTTATTTTACTCCTACTTCCACCTACTCCATTTTTTAAAAAAAAAACATCAACATCACCACCCACTTCCACCACCAACATCACCATCAATCCCTTGCACTATACCTATTACAGCACACTCCATGCTTCTACAAATTCATTGACATACTTTAGTCATTCTCATCCATTTCATCACAAACCCTCACGCAATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808711.1
MEVESSAVVGGGSSSLLRLRLFYFILLLLPPTPFFKKKTSTSPPTSTTNITINPLHYTYYSTLHASTNSLTYFSHSHPFHHKPSRNSSSFTLTRNTKTKRPNKFKQTDLTETFLKGFVTRGISAAFPRQVFMCMIFRLCLSRLAGWC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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