当前解析结果
SmilChr01G002072| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002072 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002072 |
| 描述 | chaperone protein dnaJ 20, chloroplastic-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 36628585 - 36629689 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131023183 |
|---|---|
| GeneID | 131023183 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023183 |
| 原始查询 | LOC131023183 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | chaperone protein dnaJ 20, chloroplastic-like |
| 产物 | chaperone protein dnaJ 20%2C chloroplastic-like |
| Arabidopsis | AT4G13830 (J20)DNAJ-like 20 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827017] identity=46; qcov=0.864; evalue=1.52e-36; confidence=medium |
| Rice | Os01g0101700 (OsDjC1)- identity=50.9; qcov=0.625; evalue=9.04e-29; confidence=medium |
| GO | GO:0009507 (chloroplast); GO:0061077 (GO:0061077) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00226 (DnaJ) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023183 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057808715.1 |
| 2 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057808715.1 |
| 3 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.20000 | XP_057808715.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057808715.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808715.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:36628733 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 6 | B114,B139,B81,C21,C48,C7 |
Chr1:36628989 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 20 | A10,A25,A3,B117,B134,B30,B40,B48,B71,B91,C19,C32,C53,C57,C58,C68,C78,C9,D2,D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808715.1PF00226
DnaJ 71-135 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808715.1 |
Pfam | PF00226 |
DnaJ | Domain | 71 | 135 | 4.1e-18 | 65.9 | DnaJ domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。