Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001478`

染色体: Chr04 坐标: 24220062-24220832 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001478`
名称	SmilChr04G001478
描述	uncharacterized SmilChr04G001478
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	24220062 - 24220832 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023185`
GeneID	`131023185`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023185`
原始查询	`LOC131023185`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03732 (PEG10_N-capsid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023185

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057808713.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057808713.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808713.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808713.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808713.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:24220067`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,B52
`Chr4:24220068`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44
`Chr4:24220101`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	D10,D11
`Chr4:24220101`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D10,D11
`Chr4:24220110`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	36	A14,A19,A20,A6,A7,B136,B19,B22,B27,B30,B33,B45,B52,B56,B68,B73,B74,B80,B81,B83,B87,B96,B97,C19,C20,C3,C38,C40,C43,C54,C56,C6,C78,C84,D11,D9
`Chr4:24220128`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B67,D11,D4
`Chr4:24220134`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,B53,C42
`Chr4:24220140`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B90,B92,C87
`Chr4:24220151`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B36,C33,C42,C71
`Chr4:24220173`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B130,C52
`Chr4:24220200`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	18	A19,A6,B136,B19,B45,B61,B7,B72,B73,B87,C20,C28,C3,C38,C40,C78,C81,D9
`Chr4:24220205`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	12	A8,B110,B113,B2,B20,B79,B89,B98,C60,C8,C80,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808713.1

256 aa

128

256

PEG10_N-capsid

PF03732 PEG10_N-capsid 1-71 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808713.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	1	71	2.2e-09	38.2	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952730.1
ATGTTCGACGGCACGACGGATCCGACCGACCATATCGCTCAGTACAAGCAAAGGATGTTCACTTCTGCAATTCCTCGCGAATTGAGGCAGGCTTGCATGTGTAAGGGGTTCGGTTCTAGTCTGACAGAATCGGCCCTCCAGTGGTATACTAACCTTCCAAATTATTCTATTTCAAGTTTTGCCCAACTAACAGATATATTTGTGCAGCAATATGCTAGTAGCAGGAAGCTTGAAAAGATATCGGAAGATCTTTACGCCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023185
ATGTTCGACGGCACGACGGATCCGACCGACCATATCGCTCAGTACAAGCAAAGGATGTTCACTTCTGCAATTCCTCGCGAATTGAGGCAGGCTTGCATGTGTAAGGGGTTCGGTTCTAGTCTGACAGAATCGGCCCTCCAGTGGTATACTAACCTTCCAAATTATTCTATTTCAAGTTTTGCCCAACTAACAGATATATTTGTGCAGCAATATGCTAGTAGCAGGAAGCTTGAAAAGATATCGGAAGATCTTTACGCCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808713.1
MFDGTTDPTDHIAQYKQRMFTSAIPRELRQACMCKGFGSSLTESALQWYTNLPNYSISSFAQLTDIFVQQYASSRKLEKISEDLYAVVQQRGESLRDYISRFNKEKVSITNCNTQTAVTAFRKGLLPDSDLYKDLTKYLCRTMKDILAKAWAQIKWVEDQYSHHRSSPSRNTRKDSRVDRRTSDRRSEPYPPPRQEYRRREYDQPYETRPRERAKIPEYNLYISPAEAVSALRNLGNKVKWSEKMRAPADHIDRSK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器