Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001493`

染色体: Chr04 坐标: 24492547-24493209 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001493`
名称	SmilChr04G001493
描述	uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	24492547 - 24493209 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023190`
GeneID	`131023190`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023190`
原始查询	`LOC131023190`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	orf490; symbol=orf490; hit=gene-orf490; species=rice; confidence=medium
产物	orf490; symbol=orf490; hit=gene-orf490; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`ATMG00810` - identity=34; qcov=0.919; evalue=1.14e-25; confidence=low
Rice	`gene-orf490` (orf490) - identity=38.7; qcov=0.896; evalue=6.43e-30; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023190

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057808718.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808718.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808718.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808718.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808718.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:24492556`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	B126,B133,B35,C17,C59,C84
`Chr4:24492606`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B90,C31
`Chr4:24492606`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B90,C31
`Chr4:24492750`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B50,C22
`Chr4:24492781`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B3,B50,C52
`Chr4:24492802`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	23	A10,A21,B105,B117,B127,B128,B18,B27,B4,B45,B56,B68,B75,B85,B96,C11,C16,C43,C49,C69,C75,C85,D3
`Chr4:24492808`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B84,C18,C56,C61
`Chr4:24492845`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B50,C52
`Chr4:24492849`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B6,C67
`Chr4:24492894`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B46
`Chr4:24492894`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B46
`Chr4:24492908`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952735.1
ATGATTGAACAAGGATTCAAGAAGGCGTCAGTGGACATAACTCTTTTCACACTGAAAGAAGGGTTACAAGTGAAGCAGACTAAAGAAGAAATCCTGATAAATCAGTCAAAGTATGCCAAGGAACTGATCAACAAGGTTGGGATTCAACACATGAAGTCAGTGAAGATTCCAATGAACACCAACTGGAAAGTGGATCCAGAAAATGAACAAAAATCTGTATCTTCAACTAAATACAGAGAAATAATTGGTTCACTACTTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023190
ATGATTGAACAAGGATTCAAGAAGGCGTCAGTGGACATAACTCTTTTCACACTGAAAGAAGGGTTACAAGTGAAGCAGACTAAAGAAGAAATCCTGATAAATCAGTCAAAGTATGCCAAGGAACTGATCAACAAGGTTGGGATTCAACACATGAAGTCAGTGAAGATTCCAATGAACACCAACTGGAAAGTGGATCCAGAAAATGAACAAAAATCTGTATCTTCAACTAAATACAGAGAAATAATTGGTTCACTACTTTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808718.1
MIEQGFKKASVDITLFTLKEGLQVKQTKEEILINQSKYAKELINKVGIQHMKSVKIPMNTNWKVDPENEQKSVSSTKYREIIGSLLYFTASRPDIAFAVGIYARYQSDSKEAHMDAAKCILKYLKCTPNIGLRYPADDNFKLLGYSNSDFAGCKIDRKSTSGTCQFLGNKLIS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器