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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001502

染色体: Chr04 坐标: 24627265-24628260 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001502
名称SmilChr04G001502
描述uncharacterized SmilChr04G001502
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向24627265 - 24628260 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023193
GeneID131023193
locus_tag-
NCBI NameLOC131023193
原始查询LOC131023193

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023193

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808721.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057808721.1
3 Chromosome 染色体 0.60000 XP_057808721.1
4 Chromatin 染色质 0.20000 XP_057808721.1
5 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057808721.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:24627274 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 82 A11,A13,A15,A16,A20,A21,A23,A25,A4,A8,B1,B10,B105,B110,B113,B120,B122,B126,B130,B131,B138,B2,B20,B22,B25,B28,B30,B31,B34,B37,B44,B49,B5,B51,B53,B54,B63,B65,B66,B71,B74,B79,B8,B80,B83,B84,B89,B9,B91,B93,B95,B99,C10,C13,C14,C18,C19,C2,C3,C32,C35,C46,C52,C54,C57,C58,C59,C67,C7,C70,C76,C79,C81,C82,C83,C9,D10,D11,D2,D5,D8,D9
Chr4:24627279 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B50
Chr4:24627279 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B50
Chr4:24627293 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,C52
Chr4:24627296 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B21,C27
Chr4:24627299 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B21,C27
Chr4:24627303 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B131,B62,B89,C75,D10
Chr4:24627310 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B21
Chr4:24627318 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,C51
Chr4:24627324 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,D10
Chr4:24627326 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:24627330 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 118 A11,A13,A14,A15,A16,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A25,A4,A6,A8,B1,B10,B104,B105,B110,B113,B117,B120,B122,B126,B128,B130,B131,B136,B138,B19,B2,B20,B25,B26,B27,B28,B30,B31,B34,B35,B36,B37,B41,B44,B45,B49,B5,B50,B51,B53,B54,B58,B61,B63,B65,B66,B7,B71,B73,B74,B79,B8,B80,B82,B83,B84,B87,B88,B89,B9,B91,B93,B95,B97,B99,C10,C13,C14,C18,C19,C2,C20,C3,C30,C32,C33,C34,C35,C38,C42,C44,C46,C48,C50,C52,C54,C57,C58,C59,C62,C67,C68,C7,C70,C76,C78,C79,C81,C82,C83,C84,C9,D11,D2,D5,D7,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952738.1
ATGGCAAAAACCAAAGGGGGAACAGGATCCGGGAGCACCCAACCACCAAAAGGGAAGAACACCAAACCCCCACCTCCAAAGCGGGCTACGAGGCGAACCACCTCGGAAGAGACCTCTGCCAAGGTCACTGAAGACCCCGTGTTGACTATTCAGCCCGAGGACAGAGGACGTGCTGAAGTCTTACAGCAGGAGAAACAGGAGATCGGGAGGGCAACCGTTGAGTCAAAACAGTCGGAGAAGCCGGGAGAAGAGGAGCCTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023193
ATGGCAAAAACCAAAGGGGGAACAGGATCCGGGAGCACCCAACCACCAAAAGGGAAGAACACCAAACCCCCACCTCCAAAGCGGGCTACGAGGCGAACCACCTCGGAAGAGACCTCTGCCAAGGTCACTGAAGACCCCGTGTTGACTATTCAGCCCGAGGACAGAGGACGTGCTGAAGTCTTACAGCAGGAGAAACAGGAGATCGGGAGGGCAACCGTTGAGTCAAAACAGTCGGAGAAGCCGGGAGAAGAGGAGCCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808721.1
MAKTKGGTGSGSTQPPKGKNTKPPPPKRATRRTTSEETSAKVTEDPVLTIQPEDRGRAEVLQQEKQEIGRATVESKQSEKPGEEEPELTPLVKKSKKSQTGKATPARSIVAPPPPIQAQPQPQIPETSMQEGRTASEDTEEEEKEEQEKAEAEEAEEGERVEAIPEDAVEVLTPQSKRPGVKRKLDVAKPPLPVKAKPAPVGSKTRTKGEQSRSKKKPTAAEKGKAKEVEIPIEAEPEKTQTVESSNSEDMVAPAKPVTS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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