Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001630`

染色体: Chr04 坐标: 27053011-27053940 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001630`
名称	SmilChr04G001630
描述	uncharacterized SmilChr04G001630
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	27053011 - 27053940 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023220`
GeneID	`131023220`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023220`
原始查询	`LOC131023220`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os10g0351414; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os10g0351414; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G40390` (AT1G40390) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840761] identity=23.1; qcov=0.799; evalue=2.09e-11; confidence=weak
Rice	`Os10g0351414` - identity=26.8; qcov=0.977; evalue=8.91e-25; confidence=low
GO	GO:0003824 (catalytic activity)
KEGG	-
Pfam	PF03372 (Exo_endo_phos)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023220

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057808744.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057808744.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057808744.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808744.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808744.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:27053015`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B17,C45
`Chr4:27053017`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B25,B45
`Chr4:27053027`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C21,C22,C47,C76
`Chr4:27053035`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A19,B109,B120,C41
`Chr4:27053043`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr4:27053046`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	29	B101,B108,B121,B122,B13,B132,B139,B17,B18,B2,B22,B25,B44,B52,B56,B57,B61,B64,B94,B96,C1,C11,C38,C49,C50,C69,C84,D2,D8
`Chr4:27053055`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B120,C81
`Chr4:27053055`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B120,C81
`Chr4:27053077`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50
`Chr4:27053080`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	208	A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,B1,B10,B100,B102,B103,B105,B106,B108,B109,B11,B110,B115,B118,B12,B121,B123,B124,B125,B126,B128,B129,B13,B130,B131,B134,B135,B136,B137,B14,B140,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B32,B33,B35,B36,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B48,B49,B51,B52,B53,B54,B56,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B68,B69,B70,B72,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C25,C26,C29,C3,C31,C32,C33,C35,C36,C37,C39,C4,C40,C41,C42,C44,C45,C46,C47,C48,C5,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C65,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,D11,D2,D4,D6,D7,D8,D9
`Chr4:27053085`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	209	A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,B1,B10,B100,B102,B103,B105,B106,B108,B109,B11,B110,B115,B118,B12,B120,B121,B123,B124,B125,B126,B128,B129,B13,B130,B131,B134,B135,B136,B137,B14,B140,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B32,B33,B35,B36,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B48,B49,B51,B52,B53,B54,B56,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B68,B69,B70,B72,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C25,C26,C29,C3,C31,C32,C33,C35,C36,C37,C39,C4,C40,C41,C42,C44,C45,C46,C47,C48,C5,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C65,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,D11,D2,D4,D6,D7,D8,D9
`Chr4:27053086`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	209	A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,B1,B10,B100,B102,B103,B105,B106,B108,B109,B11,B110,B115,B118,B12,B120,B121,B123,B124,B125,B126,B128,B129,B13,B130,B131,B134,B135,B136,B137,B14,B140,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B32,B33,B35,B36,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B48,B49,B51,B52,B53,B54,B56,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B68,B69,B70,B72,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C25,C26,C29,C3,C31,C32,C33,C35,C36,C37,C39,C4,C40,C41,C42,C44,C45,C46,C47,C48,C5,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C65,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,D11,D2,D4,D6,D7,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808744.1

309 aa

154

309

Exo_endo_phos

PF03372 Exo_endo_phos 19-154 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808744.1`	Pfam	`PF03372`	Exo_endo_phos	Domain	19	154	1.7e-08	35.2	Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952761.1
ATGGAGGAGATTCGTGCCCGTCACAATTTCGAAGGGTGCTTGGTGGTGGATAGTGTTGGTAGAAGTGGAGGACTCTGTATGTTGTGGAAGTCCAACACTTCTTGTACTCTCATCGGTTACTCTCGCAATCACATAGACTTACACATTATGGATGTTAATGGTGAGTGGAGGCTCACTGGTTTTTATGGATTCTCGGAAAGACACAAACGACGGGATTCATGGAATTTACTTCGACGTCTTGCTGGAATCAGCTCTCTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023220
ATGGAGGAGATTCGTGCCCGTCACAATTTCGAAGGGTGCTTGGTGGTGGATAGTGTTGGTAGAAGTGGAGGACTCTGTATGTTGTGGAAGTCCAACACTTCTTGTACTCTCATCGGTTACTCTCGCAATCACATAGACTTACACATTATGGATGTTAATGGTGAGTGGAGGCTCACTGGTTTTTATGGATTCTCGGAAAGACACAAACGACGGGATTCATGGAATTTACTTCGACGTCTTGCTGGAATCAGCTCTCTCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808744.1
MEEIRARHNFEGCLVVDSVGRSGGLCMLWKSNTSCTLIGYSRNHIDLHIMDVNGEWRLTGFYGFSERHKRRDSWNLLRRLAGISSLPWFIIGDFNDLLDPGDKQGRVHHPNWLFEGFRSATLDCGLSDLPLHGYPFTWSRGLNSNNFVEERLDRGMAFTPWKTLFPNATLCSLLAPMSDHTPILLKCQGLQPPAHHKRFWFENKWCLEPNFPHIVCDCWTNLRGITITERLTAVSDSISTWAAHLRRNEQADKTRLQKKI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器