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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001688

染色体: Chr04 坐标: 27931204-27932173 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001688
名称SmilChr04G001688
描述probable carboxylesterase 18
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向27931204 - 27932173 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023229
GeneID131023229
locus_tag-
NCBI NameLOC131023229
原始查询LOC131023229

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable carboxylesterase 18
产物probable carboxylesterase 18
ArabidopsisAT5G23530 (CXE18)
carboxyesterase 18 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832418]
identity=46.8; qcov=0.892; evalue=1.04e-81; confidence=high
RiceOs07g0643400 (OJ1003_C06.126)
-
identity=43.6; qcov=0.925; evalue=2.03e-65; confidence=medium
GOGO:0016787 (hydrolase activity)
KEGG-
PfamPF07859 (Abhydrolase_3); PF20434 (BD-FAE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023229

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057808753.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057808753.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057808753.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808753.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808753.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:27931263 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr4:27931394 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,C57
Chr4:27931701 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr4:27931806 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr4:27931918 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808753.1
295 aa
N
1
148
295
BD-FAE
Abhydrolase_3
C
PF20434 BD-FAE 85-187 aa PF07859 Abhydrolase_3 92-259 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808753.1 Pfam PF20434 BD-FAE Domain 85 187 1.3e-10 41.9 BD-FAE
XP_057808753.1 Pfam PF07859 Abhydrolase_3 Domain 92 259 2.5e-42 145.7 alpha/beta hydrolase fold

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952770.1
ATGGGTAATAACAACATAGAATCGCGTCGGCTGCCATTGTTGACAAGATTGAAGCTGTTGATATCGGTATTGATCGGATATCTCACCACACGCTCCGACGGCACTCTCAACCGACGTGTCTTGAAGCTCGTAGACTTGAAAGCATCAGCACCTGCCACCAAGCTCATAAACACTATCCCTATCTCCACTTCGGATATCACAATCGACCCCTCCCGCGATCTCTGGTTCCGCCTCTTCATCCCCACCACGCCCAACTCCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023229
ATGGGTAATAACAACATAGAATCGCGTCGGCTGCCATTGTTGACAAGATTGAAGCTGTTGATATCGGTATTGATCGGATATCTCACCACACGCTCCGACGGCACTCTCAACCGACGTGTCTTGAAGCTCGTAGACTTGAAAGCATCAGCACCTGCCACCAAGCTCATAAACACTATCCCTATCTCCACTTCGGATATCACAATCGACCCCTCCCGCGATCTCTGGTTCCGCCTCTTCATCCCCACCACGCCCAACTCCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808753.1
MGNNNIESRRLPLLTRLKLLISVLIGYLTTRSDGTLNRRVLKLVDLKASAPATKLINTIPISTSDITIDPSRDLWFRLFIPTTPNSASLPLIVYFHGGGFTKYGPDSKVFDHLCSHVAARVPAVVASVNYRLAPEHKCPSQYEDGFDALKFIDARHYDVLPANADLGRCFIGGDSAGGNIAHHVTVRAVEQAEQFHKIRIVGMLGLQPFFGGQQRTESELRLTKAPMLSVESTDMYWREFLPVGADRNHPAANVANSEAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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