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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001822

染色体: Chr04 坐标: 29727649-29728251 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001822
名称SmilChr04G001822
描述uncharacterized SmilChr04G001822
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向29727649 - 29728251 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023261
GeneID131023261
locus_tag-
NCBI NameLOC131023261
原始查询LOC131023261

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os01g0595300; species=rice; confidence=low
产物hit=Os01g0595300; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT3G05850 (MUG7)
MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]
identity=25.8; qcov=0.95; evalue=7.27e-19; confidence=low
RiceOs01g0595300
-
identity=33.7; qcov=0.98; evalue=6.6e-25; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023261

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808788.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808788.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808788.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808788.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057808788.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:29727798 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A25
Chr4:29727816 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B48
Chr4:29727900 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr4:29727917 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B109,B137,C55
Chr4:29727933 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr4:29727936 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr4:29727938 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,A5
Chr4:29727960 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,B40,C28
Chr4:29727962 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr4:29727999 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr4:29728014 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr4:29728017 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B87,C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952805.1
ATGAAGCAAGGGGCTGAGGCAAAAGTTGTACGCTTAGATCAGGGACGCCTCTATTACAAGTGCAAGCACTCTGATAAGTGCAAGTTCGATGTGCGTGCATCTTGTCACGGCGGAGGGATGTGGGGAGTGCATAAGTTTAAAGAGCACTCTTGCCAAGGGGAATTGGGCATTTTGAAACGAATAAAGGCACATTCGAATGTGGTTGCAGCTTATGTGGAAAAAAGAATACGCGATGACGGAGAGGTCATTAAGCCGAAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023261
ATGAAGCAAGGGGCTGAGGCAAAAGTTGTACGCTTAGATCAGGGACGCCTCTATTACAAGTGCAAGCACTCTGATAAGTGCAAGTTCGATGTGCGTGCATCTTGTCACGGCGGAGGGATGTGGGGAGTGCATAAGTTTAAAGAGCACTCTTGCCAAGGGGAATTGGGCATTTTGAAACGAATAAAGGCACATTCGAATGTGGTTGCAGCTTATGTGGAAAAAAGAATACGCGATGACGGAGAGGTCATTAAGCCGAAATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808788.1
MKQGAEAKVVRLDQGRLYYKCKHSDKCKFDVRASCHGGGMWGVHKFKEHSCQGELGILKRIKAHSNVVAAYVEKRIRDDGEVIKPKSIMAELLREFGVRIKYDVALRARNLSLEKIYGRIDDSFLLLPKYLYTLSQANPGTVMDLEVDENNRFKHLFLALGASITPFFFSLRPVIVVDGTHLKGKNNGILFVAVTKDANE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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