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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001945

染色体: Chr04 坐标: 31574533-31576376 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001945
名称SmilChr04G001945
描述uncharacterized SmilChr04G001945
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向31574533 - 31576376 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023294
GeneID131023294
locus_tag-
NCBI NameLOC131023294
原始查询LOC131023294

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827439]; symbol=AT4G17250; hit=AT4G17250; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827439]; symbol=AT4G17250; hit=AT4G17250; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT4G17250 (AT4G17250)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827439]
identity=31; qcov=1.1; evalue=6.7e-84; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023294

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057808823.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057808823.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057808823.1
4 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057808823.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808823.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:31574556 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,C54
Chr4:31574565 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B106,C54
Chr4:31574653 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 30 A1,A15,A23,A6,B105,B108,B122,B138,B17,B22,B25,B27,B33,B58,B6,B62,B69,B84,B9,C14,C16,C43,C45,C47,C62,C63,C85,D2,D3,D5
Chr4:31574713 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B119,B23,C43
Chr4:31574857 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr4:31574878 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 D7
Chr4:31574878 G GA 1bp_insertion CDS_variant 1 D7
Chr4:31574899 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 21 A1,A23,A6,B105,B108,B122,B138,B17,B22,B25,B27,B33,B9,C14,C16,C45,C47,C62,C63,C85,D3
Chr4:31575011 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr4:31575018 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr4:31575051 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,C54,C86
Chr4:31575066 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952840.1
ATGGCCATCGCCATGGCTAATTTCCTTACGTCGTTAGGATCCATGGACGACAAGAGCTTGCTGATGAACGTCGTGGCTTTAGGTATACTGGTGATCACCATCATCGGGAACGTATGCATCCAGATCATCCAGATGCGCTCTTATCTCCACGCCAGGCATGGATTCTGGGAAGAATCTATAGCCATGGCCTCCATGCTCGTGTTGCTGCTCATGTTTGTCTCATCTGCTCTCACCATTCTGTCTACTAAACAGTATCTGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023294
ATGGCCATCGCCATGGCTAATTTCCTTACGTCGTTAGGATCCATGGACGACAAGAGCTTGCTGATGAACGTCGTGGCTTTAGGTATACTGGTGATCACCATCATCGGGAACGTATGCATCCAGATCATCCAGATGCGCTCTTATCTCCACGCCAGGCATGGATTCTGGGAAGAATCTATAGCCATGGCCTCCATGCTCGTGTTGCTGCTCATGTTTGTCTCATCTGCTCTCACCATTCTGTCTACTAAACAGTATCTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808823.1
MAIAMANFLTSLGSMDDKSLLMNVVALGILVITIIGNVCIQIIQMRSYLHARHGFWEESIAMASMLVLLLMFVSSALTILSTKQYLESRYRDIHKSALKEEQLLDMRRASTRKLRALIKKYWVMAETSSPQFVIARSVTSAVSGIVSLIMAVVLVEAGIRIAMETGLSDQPYSSYKKSSRGVLLSQTVGVMVGAVAPASRWFVSINHRTSAGWRNNVENAFAVEGYWTQKLVEWQHSSLSIGIQHLKSRKLSKKIVSQTL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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