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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001946

染色体: Chr04 坐标: 31583579-31585735 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001946
名称SmilChr04G001946
描述uncharacterized SmilChr04G001946
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向31583579 - 31585735 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023295
GeneID131023295
locus_tag-
NCBI NameLOC131023295
原始查询LOC131023295

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834808]; symbol=ASG7; hit=AT5G47580; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834808]; symbol=ASG7; hit=AT5G47580; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G47580 (ASG7)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834808]
identity=39.1; qcov=1.01; evalue=2.3e-153; confidence=medium
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023295

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057808825.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057808825.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057808825.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808825.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808825.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:31583630 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B133
Chr4:31583630 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B133
Chr4:31583860 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr4:31584355 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr4:31584951 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,B20
Chr4:31585074 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B23,C68
Chr4:31585079 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B85,C49
Chr4:31585157 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B90
Chr4:31585259 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr4:31585414 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B123,B14,B91
Chr4:31585455 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,A8
Chr4:31585456 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B90,B92,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952842.1
ATGCCTGAAAACGATCCAAACGTGGTGGAACAGCTGGAGGCGCCGATGCCGTGGATAGGCATGTATGCCGCCGTAGCATCGACGCTCTGCACGCTCGCCATGGCCGCCGACGTCTTCCACGGATTCCGGAGCAGAAAATACTGGTTCCCATCTAAATACTTGTCCCTCAACGCCACTTCCTTGGCTTTGCTATCCGTGGCAATGAAGCTCCCCGTGGATCTCACCACTAAAATGTACTCTGTCACCGACCGCCTTGCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023295
ATGCCTGAAAACGATCCAAACGTGGTGGAACAGCTGGAGGCGCCGATGCCGTGGATAGGCATGTATGCCGCCGTAGCATCGACGCTCTGCACGCTCGCCATGGCCGCCGACGTCTTCCACGGATTCCGGAGCAGAAAATACTGGTTCCCATCTAAATACTTGTCCCTCAACGCCACTTCCTTGGCTTTGCTATCCGTGGCAATGAAGCTCCCCGTGGATCTCACCACTAAAATGTACTCTGTCACCGACCGCCTTGCAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808825.1
MPENDPNVVEQLEAPMPWIGMYAAVASTLCTLAMAADVFHGFRSRKYWFPSKYLSLNATSLALLSVAMKLPVDLTTKMYSVTDRLAKVSSLSFISIVMANFLTSLGSMDDKSLLMNVVALGIMVITITGNVCIQVIQMRSYLDLRRAFWEESVAMGLMLLLLLMFISSALTILSTKQFLETRYHDMHNSILNEEELVDITKKLRVLIKKYWVMAETSSPQFVMARSVTSTVSGIVSLIVAFNLVEAEIRIAVKEGIFDHA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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