Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001952`

染色体: Chr04 坐标: 31722472-31724124 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001952`
名称	SmilChr04G001952
描述	uncharacterized SmilChr04G001952
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	31722472 - 31724124 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023299`
GeneID	`131023299`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023299`
原始查询	`LOC131023299`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827439]; symbol=AT4G17250; hit=AT4G17250; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827439]; symbol=AT4G17250; hit=AT4G17250; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT4G17250` (AT4G17250) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827439] identity=36.2; qcov=1; evalue=1.21e-104; confidence=medium
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023299

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus membrane	核膜	0.60000	`XP_057808829.1`
2	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057808829.1`
3	Lipid droplet	脂滴	0.20000	`XP_057808829.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808829.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808829.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:31722545`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,D7
`Chr4:31722551`	`A`	`ATT`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	C9
`Chr4:31722551`	`A`	`ATT`	2bp_insertion	CDS_variant	1	C9
`Chr4:31722697`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	D4
`Chr4:31722697`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	D4
`Chr4:31722739`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:31722791`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:31722821`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B53,D7
`Chr4:31722821`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,D7
`Chr4:31722837`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73
`Chr4:31722898`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	11	A21,B117,B127,B16,B23,B25,B37,B53,B75,C27,C36
`Chr4:31723110`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,D10,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952846.1
ATGAAGCGGAGCCTCGAGGCCACGTATCGCGAGAGGCATAGGCTGGCTTTGAGGGAGGAGGTGCCGCTGCTGCGGAAGGAGGCTTTGCGAATCGATGAGAGGAGAAGCTGTATGATGAAGTATTGGGTTATGGCAGCGACTTCCAATCCTGAGTTCGTGATGGCTCGTTCCGTCGTCTGCACGACGTCGGCTTTGCTCTGCTTGATCGCTCTCATCACTCTGCCGATTGCTTATGTCTTCGTCTGGAAGAGGCACGAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023299
ATGAAGCGGAGCCTCGAGGCCACGTATCGCGAGAGGCATAGGCTGGCTTTGAGGGAGGAGGTGCCGCTGCTGCGGAAGGAGGCTTTGCGAATCGATGAGAGGAGAAGCTGTATGATGAAGTATTGGGTTATGGCAGCGACTTCCAATCCTGAGTTCGTGATGGCTCGTTCCGTCGTCTGCACGACGTCGGCTTTGCTCTGCTTGATCGCTCTCATCACTCTGCCGATTGCTTATGTCTTCGTCTGGAAGAGGCACGAAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808829.1
MKRSLEATYRERHRLALREEVPLLRKEALRIDERRSCMMKYWVMAATSNPEFVMARSVVCTTSALLCLIALITLPIAYVFVWKRHEGPSVYKASVEWILYTQTVGVAVATIAPVSRWFVVVSFKYSNMNRLRDEMKMEKYWVQTLVDLRESFSGLQIGQVKCLHDLKWFVITFCIGIQILIVLLSKLFVFLSALLMTPCFYFCEQLYSIESDNDKGLNLSRYVLLLQGEAELPRTAVKNICSEADRIIQTGKGKQPKSLI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器