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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001958`

染色体: Chr04 坐标: 31790335-31791373 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001958`
名称	SmilChr04G001958
描述	uncharacterized SmilChr04G001958
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	31790335 - 31791373 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023302`
GeneID	`131023302`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023302`
原始查询	`LOC131023302`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=41.7; qcov=0.817; evalue=5.65e-49; confidence=medium
Rice	`Os01g0872900` - identity=52; qcov=0.558; evalue=5.96e-55; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF28509 (DUF8418)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023302

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808831.1`
2	Chromosome	染色体	0.60000	`XP_057808831.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057808831.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808831.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808831.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:31790340`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	A20,B70,B80,B86,B89,C18,C23,C50
`Chr4:31790365`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,B70,B80,B89,C18
`Chr4:31790366`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B5
`Chr4:31790373`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B15,B78,C2,C36
`Chr4:31790376`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B112,B53
`Chr4:31790378`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B59,B63,C38,C77
`Chr4:31790379`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B15,B78,C2,C36
`Chr4:31790394`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B27
`Chr4:31790395`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr4:31790396`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B27
`Chr4:31790399`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B27
`Chr4:31790408`	`T`	`TCG`	2bp_insertion	frameshift_variant	6	A20,B13,B59,B70,B80,B89

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808831.1

317 aa

158

317

DUF8418

DDE_Tnp_4

Plant_tran

PF28509 DUF8418 58-96 aa PF13359 DDE_Tnp_4 130-275 aa PF04827 Plant_tran 133-284 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808831.1`	Pfam	`PF28509`	DUF8418	Domain	58	96	1e-20	73.9	Domain of unknown function (DUF8418)
`XP_057808831.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	130	275	1.2e-09	38.7	DDE superfamily endonuclease
`XP_057808831.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	133	284	1.6e-64	218.0	Plant transposon protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952848.1
ATGTCTTCCTCCTCATCAAGCCACGAGGACGAGCGGCGTGCTGAAGAATTTTTCAATCTTGTGCAAGAATTTAACCAAATTGTTCAAGATATGGGTGATCCAGATGAGCAACCTCGTCATCGGCGACGAAGCGTGGCAAAGAAGGCCTACATTCGTCGGGACCGTGAAGCCGGCGCTCTACGTTTGCACGCGGATTACTTTGATGAAAATCCGGTCTACCCCGACAACATTTTCCGCCGCCGATTTCAGATGCGTCGTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023302
ATGTCTTCCTCCTCATCAAGCCACGAGGACGAGCGGCGTGCTGAAGAATTTTTCAATCTTGTGCAAGAATTTAACCAAATTGTTCAAGATATGGGTGATCCAGATGAGCAACCTCGTCATCGGCGACGAAGCGTGGCAAAGAAGGCCTACATTCGTCGGGACCGTGAAGCCGGCGCTCTACGTTTGCACGCGGATTACTTTGATGAAAATCCGGTCTACCCCGACAACATTTTCCGCCGCCGATTTCAGATGCGTCGTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808831.1
MSSSSSSHEDERRAEEFFNLVQEFNQIVQDMGDPDEQPRHRRRSVAKKAYIRRDREAGALRLHADYFDENPVYPDNIFRRRFQMRRALFLRIVNAVASDPYFQQRTDALGRPGFTPLQKCTVAIHSVEPLFNHQGEPTIILEAVASQDLWIWHAFFGTPGSNNDINVLNNSTLFNDRLQGIGVPVTYQVNNAYYTSGYYLTDGIYPNWPVFVKSPTHHTDPKGKRFKVMQEAARKDIERAFGVLQACWAIVKGPSRIWSK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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