Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001991`

染色体: Chr04 坐标: 32223455-32224816 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001991`
名称	SmilChr04G001991
描述	uncharacterized SmilChr04G001991
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	32223455 - 32224816 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023313`
GeneID	`131023313`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023313`
原始查询	`LOC131023313`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os12g0292200` - identity=30.9; qcov=0.201; evalue=3.33e-08; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023313

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808842.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057808842.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057808842.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808842.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808842.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:32223568`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B11,C58
`Chr4:32223589`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B16,C51,C60,C74,C81
`Chr4:32223672`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr4:32223673`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	21	B107,B111,B115,B119,B130,B138,B139,B15,B61,B62,B84,C19,C25,C34,C41,C43,C47,C49,C67,C77,D7
`Chr4:32223674`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C34
`Chr4:32223674`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C34
`Chr4:32223688`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr4:32223689`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D9
`Chr4:32223691`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D9
`Chr4:32223722`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,A6,C20
`Chr4:32223727`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B26
`Chr4:32223730`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,B32,B93,C19,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952859.1
ATGACCAAACAGAACATGGAGTCACAGTCTGCTACAATCAAACGTCTTGAGACGACCGTTGGACAACTCTCAGGGACCTTGAACCAGATGCAACAGCAGCAACAACCAGGGAAGCTCCATGGCCAAGGATTGCAGCCTCATCAAGCTCAAGCTGTCACAGTCCTACGGAGTGGAAAAAAGGTGGACAACAAAGTGGAGATCCCTACTGACGAGCCCCCTAAGGAAACTTGTGAGGAGGAGATGGTGAAAGAAGTACCCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023313
ATGACCAAACAGAACATGGAGTCACAGTCTGCTACAATCAAACGTCTTGAGACGACCGTTGGACAACTCTCAGGGACCTTGAACCAGATGCAACAGCAGCAACAACCAGGGAAGCTCCATGGCCAAGGATTGCAGCCTCATCAAGCTCAAGCTGTCACAGTCCTACGGAGTGGAAAAAAGGTGGACAACAAAGTGGAGATCCCTACTGACGAGCCCCCTAAGGAAACTTGTGAGGAGGAGATGGTGAAAGAAGTACCCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808842.1
MTKQNMESQSATIKRLETTVGQLSGTLNQMQQQQQPGKLHGQGLQPHQAQAVTVLRSGKKVDNKVEIPTDEPPKETCEEEMVKEVPPPREEKQQGEPSVKLHKVTKPYRPPIPYPGRLRNEKQDQQFTDFYNMLAKVNVNLPLLDVIRNVPAYVKFFKELASKKRKFVDNEKVLVSEVANSIMQQPLPPKQRDPDRSVRYPCGVIEDILVRVGGLIVPVDFVVLEIGEVHENGKEHTLLLGRPFMATTNTLIDVKNGTIK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器