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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002069

染色体: Chr04 坐标: 33445921-33446564 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002069
名称SmilChr04G002069
描述cyclin-dependent kinase G-2-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向33445921 - 33446564 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023328
GeneID131023328
locus_tag-
NCBI NameLOC131023328
原始查询LOC131023328

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cyclin-dependent kinase G-2-like
产物cyclin-dependent kinase G-2-like
ArabidopsisAT1G67580 (AT1G67580)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843079]
identity=41.1; qcov=1.04; evalue=2.6e-35; confidence=medium
RiceOs04g0488000 (CDKG)
-
identity=41.8; qcov=1.03; evalue=1.45e-36; confidence=medium
GOGO:0004693 (cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0007346 (regulation of mitotic cell cycle)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023328

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808855.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057808855.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057808855.1
4 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057808855.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808855.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:33445957 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B7,C42,C8
Chr4:33446041 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B59,B86,C77
Chr4:33446068 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,C1,C72
Chr4:33446140 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 14 A4,A9,B105,B138,B78,C19,C30,C31,C35,C45,C46,C47,C53,C74
Chr4:33446152 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 14 A7,B1,B30,B35,B44,B46,B55,B56,B68,B96,B98,C23,C56,C80
Chr4:33446226 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr4:33446253 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 19 A1,A2,A6,B122,B127,B132,B17,B34,B45,B54,B56,B62,B94,B96,C38,C4,C7,D10,D5
Chr4:33446271 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 9 A15,B100,B33,B84,B9,B94,C24,C56,C77
Chr4:33446294 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr4:33446307 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr4:33446321 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:33446377 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 51 A16,A19,A20,A3,B104,B108,B109,B114,B117,B123,B129,B13,B131,B135,B137,B23,B27,B3,B36,B42,B43,B51,B72,B74,B8,B80,B87,B99,C14,C16,C28,C29,C37,C4,C41,C43,C45,C46,C5,C54,C57,C62,C7,C75,C78,C79,C82,D11,D3,D6,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808855.1
190 aa
N
1
95
190
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 1-165 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 3-99 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808855.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 1 165 7.2e-38 131.2 Protein kinase domain
XP_057808855.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 3 99 2.4e-14 54.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952872.1
ATGCGCCAGTTATTGATCGGTGTAAAGTTCTTGCACGACAACAAGGTGGTGCATAGGGATTTGAAACCTGATAACATCTTCATCAACACAAAAGGGGAGCTCAAGATTTGTGATTTTGGTCTGTCGCTGTGGATCCATGTGGCGGTAGCGGCCAACAACCCTTGCGCCGGGACGGTTTGGTATATAGCACCTGAGCTGCCTGAGCTGCTGGGTTCGAATCGCCCGCCCACACAGGTGTATCCGGAGGCAGTGGATATGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023328
ATGCGCCAGTTATTGATCGGTGTAAAGTTCTTGCACGACAACAAGGTGGTGCATAGGGATTTGAAACCTGATAACATCTTCATCAACACAAAAGGGGAGCTCAAGATTTGTGATTTTGGTCTGTCGCTGTGGATCCATGTGGCGGTAGCGGCCAACAACCCTTGCGCCGGGACGGTTTGGTATATAGCACCTGAGCTGCCTGAGCTGCTGGGTTCGAATCGCCCGCCCACACAGGTGTATCCGGAGGCAGTGGATATGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808855.1
MRQLLIGVKFLHDNKVVHRDLKPDNIFINTKGELKICDFGLSLWIHVAVAANNPCAGTVWYIAPELPELLGSNRPPTQVYPEAVDMWSLGCVMAEMLLKDGAYWSDEVAPMVYKIAAKGGGSDRLRRQFPGAAISAAGFDLLERLLRRDPKYRITAECALCHPWFEESLASEFGVHPPWIRQLRIVKRQR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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