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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002115`

染色体: Chr04 坐标: 34151224-34154858 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002115`
名称	SmilChr04G002115
描述	lysine--tRNA ligase-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	34151224 - 34154858 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023336`
GeneID	`131023336`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023336`
原始查询	`LOC131023336`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	lysine--tRNA ligase-like
产物	lysine--tRNA ligase-like
Arabidopsis	`AT3G11710` (ATKRS-1) lysyl-tRNA synthetase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820343] identity=60.8; qcov=0.634; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0586800` - identity=61.5; qcov=0.635; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000049 (tRNA binding); GO:0004824 (lysine-tRNA ligase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005829 (cytosol); GO:0006430 (lysyl-tRNA aminoacylation); GO:0016787 (hydrolase activity)
KEGG	smil00970 (Aminoacyl-tRNA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00149 (Metallophos); PF00152 (tRNA-synt_2); PF01336 (tRNA_anti-codon)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023336

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057808863.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057808863.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057808863.1`
4	Mitochondrion matrix	线粒体基质	0.20000	`XP_057808863.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808863.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:34151229`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C86
`Chr4:34152564`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B129,B89,C26
`Chr4:34152657`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50
`Chr4:34152968`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B122
`Chr4:34152968`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B122
`Chr4:34152973`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B122
`Chr4:34152973`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B122
`Chr4:34153055`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr4:34153060`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr4:34153092`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B122,B46,B54,C8,C85
`Chr4:34153491`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,C37
`Chr4:34153530`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808863.1

830 aa

415

830

tRNA_anti-codon

tRNA-synt_2

Metallophos

PF01336 tRNA_anti-codon 54-132 aa PF00152 tRNA-synt_2 175-518 aa PF00149 Metallophos 540-750 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808863.1`	Pfam	`PF01336`	tRNA_anti-codon	Domain	54	132	5e-10	39.9	OB-fold nucleic acid binding domain
`XP_057808863.1`	Pfam	`PF00152`	tRNA-synt_2	Domain	175	518	1.9e-70	238.1	tRNA synthetases class II (D, K and N)
`XP_057808863.1`	Pfam	`PF00149`	Metallophos	Domain	540	750	1.3e-12	49.3	Calcineurin-like phosphoesterase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952880.1
ATGCAGCAATACTTTGAGAACAAGTTGAAATTTCTGGGAGAGCAAAGGGCTGCCGGAATCAATCCATATCCTCACAAGTTCTATGTTACAATGAGCATAACGGAATACAAAGAAAAATTTGGTGGGTTAAAGAATGGGCATCGTTTGGAGAATGTGCAAGTATCATTGGCTGGAAGGATGATGAGCAAGCGTCCGTCTTCTTTGAAGCTTCTCTTTTATGATTTGCATGGTGGTGATTCTAAAGTCCAGGTCGTGGCTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023336
ATGCAGCAATACTTTGAGAACAAGTTGAAATTTCTGGGAGAGCAAAGGGCTGCCGGAATCAATCCATATCCTCACAAGTTCTATGTTACAATGAGCATAACGGAATACAAAGAAAAATTTGGTGGGTTAAAGAATGGGCATCGTTTGGAGAATGTGCAAGTATCATTGGCTGGAAGGATGATGAGCAAGCGTCCGTCTTCTTTGAAGCTTCTCTTTTATGATTTGCATGGTGGTGATTCTAAAGTCCAGGTCGTGGCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808863.1
MQQYFENKLKFLGEQRAAGINPYPHKFYVTMSITEYKEKFGGLKNGHRLENVQVSLAGRMMSKRPSSLKLLFYDLHGGDSKVQVVADASCSELEEAEFSKLHSSVKHGDIVGVTGFPAKSKRGELSVFSKSFLVLSHCLHIMPLPRQSSSVSHVQKGEVWAPGNIRNPDLYMLNNEETRYRHRYMDLLLNGEVRDVFKTRSRVVSYMRKFLDNLDFLEVETPVMNHHTTSAALFVTHHNELNMKLYMRTTPDLYLRQLVV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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