当前解析结果
SmilChr01G002096| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002096 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002096 |
| 描述 | nuclear transport factor 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 36984905 - 36986030 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131023345 |
|---|---|
| GeneID | 131023345 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023345 |
| 原始查询 | LOC131023345 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | nuclear transport factor 2-like |
| 产物 | nuclear transport factor 2-like |
| Arabidopsis | AT3G25150 (AT3G25150)Nuclear transport factor 2 (NTF2) family protein with RNA binding (RRM-RBD-RNP motifs) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822106] identity=57; qcov=0.703; evalue=4.08e-50; confidence=medium |
| Rice | Os02g0497700- identity=57; qcov=0.703; evalue=3.71e-43; confidence=medium |
| GO | GO:0003729 (mRNA binding); GO:0005829 (cytosol); GO:1990904 (ribonucleoprotein complex) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02136 (NTF2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023345 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057808873.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057808873.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057808873.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808873.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808873.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:36985229 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:36985381 |
GCC |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B108 |
Chr1:36985381 |
GCC |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr1:36985614 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A11,B138,B2 |
Chr1:36985630 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A11,B138,B2 |
Chr1:36985707 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B36 |
Chr1:36986016 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 11 | A5,B118,B3,B32,B35,B73,B76,B86,C15,C44,C87 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808873.1PF02136
NTF2 14-130 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808873.1 |
Pfam | PF02136 |
NTF2 | Domain | 14 | 130 | 2.5e-32 | 112.5 | Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。