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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002153

染色体: Chr04 坐标: 34577206-34577967 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002153
名称SmilChr04G002153
描述uncharacterized SmilChr04G002153
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向34577206 - 34577967 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023348
GeneID131023348
locus_tag-
NCBI NameLOC131023348
原始查询LOC131023348

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023348

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057808872.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808872.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808872.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808872.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808872.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:34577347 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C1,C72,D4
Chr4:34577364 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr4:34577387 ATT A 2bp_deletion frameshift_variant 8 A23,B136,B69,C24,C63,C76,C81,D1
Chr4:34577392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr4:34577436 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,C14
Chr4:34577503 G GCT 2bp_insertion frameshift_variant 15 A20,A24,B1,B120,B123,B14,B19,B25,B53,B63,B97,C2,C36,C50,D5
Chr4:34577574 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B41,B65,C11,C69
Chr4:34577583 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 19 A20,A24,A3,B1,B120,B123,B137,B14,B19,B25,B53,B63,B80,B97,C2,C36,C41,C50,D5
Chr4:34577640 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr4:34577905 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 1 D11
Chr4:34577905 A AC 1bp_insertion CDS_variant 1 D11
Chr4:34577909 T TGA 2bp_insertion frameshift_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952889.1
ATGGAAGTTTCAAGCCATAACAGTTCAAAGACAAGTCTTATCGTTCACGAAGAAGACGCAAACATATCAGCATTCCGCCGAATAAACAAGGTCCTAATCCTCTCATTAGTGTTCTTAATCATCTTATTAACACTAACCTTAGCCGCCTTAATCGTCTACCTCGTGCGCCTCGACAACAACGATTCTCCGTCTCCCGCGAGAGCATACTGCTACGTCAATTCCGACGCTCCGGCGTGTTCAAGCATCGTCAATCTCATCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023348
ATGGAAGTTTCAAGCCATAACAGTTCAAAGACAAGTCTTATCGTTCACGAAGAAGACGCAAACATATCAGCATTCCGCCGAATAAACAAGGTCCTAATCCTCTCATTAGTGTTCTTAATCATCTTATTAACACTAACCTTAGCCGCCTTAATCGTCTACCTCGTGCGCCTCGACAACAACGATTCTCCGTCTCCCGCGAGAGCATACTGCTACGTCAATTCCGACGCTCCGGCGTGTTCAAGCATCGTCAATCTCATCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808872.1
MEVSSHNSSKTSLIVHEEDANISAFRRINKVLILSLVFLIILLTLTLAALIVYLVRLDNNDSPSPARAYCYVNSDAPACSSIVNLIISGKFVSDPNQIFALSLQAAAEDLQRLIASSLIEFNNCSSSLRDALDQIRDPLAAMRVDPFVEFKSDEQRGEMMNRIAAAAEDVETCLDKIGGGEELGKVKAYLNGAGDFLIGYAEALQMLETDKWARVYNNHEIRQFSICMCVSQLTFIIALFCSHFRIVKSRRKF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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