当前解析结果
SmilChr04G002196| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002196 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002196 |
| 描述 | cytochrome P450 71B20-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 35531323 - 35532493 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023363 |
|---|---|
| GeneID | 131023363 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023363 |
| 原始查询 | LOC131023363 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cytochrome P450 71B20-like |
| 产物 | cytochrome P450 71B20-like |
| Arabidopsis | AT3G26180 (CYP71B20)cytochrome P450, family 71, subfamily B, polypeptide 20 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822219] identity=35.2; qcov=1.07; evalue=9.2e-45; confidence=medium |
| Rice | Os02g0185300- identity=45.3; qcov=0.451; evalue=1.59e-29; confidence=medium |
| GO | GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00067 (p450) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023363 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057808885.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.40000 | XP_057808885.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057808885.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808885.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808885.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:35531439 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B125,C41 |
Chr4:35531439 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B125,C41 |
Chr4:35531467 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr4:35531469 |
A |
ACC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 19 | A19,A2,A8,B100,B109,B3,B35,B38,B39,B74,B87,C19,C4,C45,C57,C78,C79,C82,D9 |
Chr4:35531470 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 19 | A19,A2,A8,B100,B109,B3,B35,B38,B39,B74,B87,C19,C4,C45,C57,C78,C79,C82,D9 |
Chr4:35531504 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B115,B78 |
Chr4:35531524 |
C |
CAA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 153 | A1,A10,A11,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A3,A7,A8,A9,B10,B100,B101,B103,B104,B108,B109,B111,B113,B115,B117,B12,B122,B123,B124,B126,B127,B128,B131,B134,B135,B136,B138,B139,B140,B2,B21,B23,B24,B25,B26,B27,B3,B30,B31,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B47,B52,B55,B56,B57,B59,B6,B60,B64,B68,B69,B70,B71,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B82,B83,B85,B86,B87,B88,B89,B93,B96,B98,C11,C13,C14,C15,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C28,C32,C37,C38,C39,C4,C40,C42,C43,C44,C45,C47,C48,C49,C5,C50,C54,C55,C57,C59,C60,C61,C63,C65,C67,C68,C69,C7,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C79,C80,C81,C82,C85,C86,C87,C9,D10,D11,D2,D4,D6,D7,D8 |
Chr4:35531596 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B27,C43 |
Chr4:35531598 |
G |
GTA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 80 | A14,A4,A7,A9,B102,B104,B105,B106,B107,B109,B119,B121,B129,B13,B130,B134,B14,B15,B18,B19,B2,B22,B29,B33,B34,B36,B40,B44,B49,B5,B54,B59,B61,B65,B7,B70,B72,B74,B77,B78,B79,B8,B83,B9,B91,C12,C15,C17,C19,C20,C24,C28,C29,C30,C31,C33,C35,C38,C40,C42,C45,C46,C48,C51,C52,C53,C54,C60,C65,C70,C71,C74,C75,C77,C8,C80,C81,C83,C84,D1 |
Chr4:35531658 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B140,C21,C29 |
Chr4:35531662 |
C |
CTT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 139 | A1,A11,A16,A18,A19,A2,A21,A3,A4,A6,A7,B10,B102,B105,B108,B109,B111,B113,B114,B115,B117,B119,B12,B121,B123,B124,B126,B127,B129,B13,B130,B135,B136,B137,B14,B140,B15,B17,B18,B19,B21,B22,B24,B26,B27,B29,B3,B32,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B47,B49,B5,B51,B52,B54,B55,B56,B57,B64,B65,B68,B69,B7,B70,B72,B74,B75,B83,B87,B89,B9,B95,B96,B97,B99,C1,C10,C11,C13,C15,C19,C21,C22,C23,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C39,C4,C40,C41,C42,C44,C45,C46,C47,C48,C50,C52,C53,C54,C55,C57,C60,C61,C65,C67,C69,C70,C71,C73,C74,C75,C76,C78,C79,C8,C83,C85,C86,C9,D1,D11,D2,D3,D4,D5,D7,D9 |
Chr4:35531667 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808885.1PF00067
p450 175-284 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808885.1 |
Pfam | PF00067 |
p450 | Domain | 175 | 284 | 2.9e-36 | 126.0 | Cytochrome P450 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。