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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002218

染色体: Chr04 坐标: 35864402-35865376 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002218
名称SmilChr04G002218
描述uncharacterized SmilChr04G002218
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向35864402 - 35865376 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023367
GeneID131023367
locus_tag-
NCBI NameLOC131023367
原始查询LOC131023367

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=weak
产物zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT2G01050 (AT2G01050)
zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]
identity=24.8; qcov=0.737; evalue=1.17e-16; confidence=weak
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023367

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057808890.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057808890.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808890.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808890.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808890.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:35864408 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C21,C29
Chr4:35864410 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B133,C66
Chr4:35864425 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B133,C21,C29,C66
Chr4:35864430 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,C35
Chr4:35864460 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,C49
Chr4:35864589 CTA C 2bp_deletion frameshift_variant 3 A22,B62,C64
Chr4:35864589 CTA C 2bp_deletion CDS_variant 3 A22,B62,C64
Chr4:35864593 T TCG 2bp_insertion frameshift_variant 3 A22,B62,C64
Chr4:35864593 T TCG 2bp_insertion CDS_variant 3 A22,B62,C64
Chr4:35864594 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr4:35864601 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,A22,B62,C64
Chr4:35864603 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952907.1
ATGTCTGCCAGCGACCAGCCGCCGCTCTCGGTGGACAGGAGCGGCCTCAATCTGCCACCGCACAATGTCTCTACTGTCAAAACTGTGACTACTCCTGCAACCTCTTACGCGAGGATCACCGCGTCGCAGCGTGTCAAAAAGCCTGATCTTCCGGCGCACAATTTTAAAGCGTTGCGCCCTTGCAACCGTGATAATAACAGTATTCTTAAAGTTCCTAAGGATCTTCAACTTGCTCAAGCGTCTAAGTTTCAATTCGCTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023367
ATGTCTGCCAGCGACCAGCCGCCGCTCTCGGTGGACAGGAGCGGCCTCAATCTGCCACCGCACAATGTCTCTACTGTCAAAACTGTGACTACTCCTGCAACCTCTTACGCGAGGATCACCGCGTCGCAGCGTGTCAAAAAGCCTGATCTTCCGGCGCACAATTTTAAAGCGTTGCGCCCTTGCAACCGTGATAATAACAGTATTCTTAAAGTTCCTAAGGATCTTCAACTTGCTCAAGCGTCTAAGTTTCAATTCGCTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808890.1
MSASDQPPLSVDRSGLNLPPHNVSTVKTVTTPATSYARITASQRVKKPDLPAHNFKALRPCNRDNNSILKVPKDLQLAQASKFQFALIGRFMMNKGVKPKTTRELKAELTSPWHLMLVGKCYFTLKFHNKEDKATAKSHIVWELSSGSLRLREWVKYFNPYKESSSLAQVWVHIYYLLVEFWHPEVLSGIGRWLGQPLKIDGNSIDDEVAHFARILVEIDLAQILPKSMTIDGSDYAFDIEFSYEYIPPYYTKYRMTGHA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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