当前解析结果
SmilChr04G002254| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002254 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002254 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G002254 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 36513322 - 36514476 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131023377 |
|---|---|
| GeneID | 131023377 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023377 |
| 原始查询 | LOC131023377 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os10g0468250; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os10g0468250; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT5G41980 (AT5G41980)nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=33; qcov=1.03; evalue=7.08e-57; confidence=low |
| Rice | Os10g0468250- identity=42.7; qcov=1.02; evalue=1.9e-79; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01609 (DDE_Tnp_1); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023377 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057808898.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.40000 | XP_057808898.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.40000 | XP_057808898.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808898.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057808898.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:36513340 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C38 |
Chr4:36513344 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B131,B91,C34 |
Chr4:36513352 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 71 | A18,A23,A6,A7,B102,B110,B111,B114,B117,B118,B119,B120,B121,B122,B131,B132,B133,B135,B136,B140,B17,B19,B21,B27,B28,B29,B30,B31,B32,B38,B39,B44,B45,B46,B55,B57,B59,B66,B73,B77,B80,B81,B9,B91,B92,B97,B99,C14,C20,C21,C30,C33,C35,C40,C42,C48,C51,C52,C56,C57,C58,C6,C61,C64,C65,C66,C80,C83,C87,D11,D9 |
Chr4:36513361 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 10 | A21,A5,B24,B29,B58,B63,B68,B80,B88,C32 |
Chr4:36513370 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr4:36513394 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A7 |
Chr4:36513423 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,B135,C17,C35 |
Chr4:36513427 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 15 | B108,B15,B24,B27,B57,B61,B70,B74,B85,B94,C45,C46,C50,C52,D7 |
Chr4:36513430 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A21,B135 |
Chr4:36513444 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,B135,C58,D11 |
Chr4:36513449 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | A21,B118,B135 |
Chr4:36513449 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | A21,B118,B135 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808898.1PF26138
DUF8040 1-70 aa
PF01609
DDE_Tnp_1 96-262 aa
PF13359
DDE_Tnp_4 102-263 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808898.1 |
Pfam | PF26138 |
DUF8040 | Domain | 1 | 70 | 1.7e-19 | 70.2 | Domain of unknown function (DUF8040) |
XP_057808898.1 |
Pfam | PF01609 |
DDE_Tnp_1 | Domain | 96 | 262 | 1.2e-05 | 25.8 | Transposase DDE domain |
XP_057808898.1 |
Pfam | PF13359 |
DDE_Tnp_4 | Domain | 102 | 263 | 9.3e-22 | 78.1 | DDE superfamily endonuclease |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。