Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002322`

染色体: Chr04 坐标: 37529321-37533750 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002322`
名称	SmilChr04G002322
描述	uncharacterized SmilChr04G002322
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	37529321 - 37533750 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023392`
GeneID	`131023392`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023392`
原始查询	`LOC131023392`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968]; symbol=AT1G43760; hit=AT1G43760; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968]; symbol=AT1G43760; hit=AT1G43760; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT1G43760` (AT1G43760) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=23.4; qcov=0.778; evalue=7e-20; confidence=weak
Rice	`Os06g0484800` - identity=20.6; qcov=1.01; evalue=4.8e-17; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023392

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057808914.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057808914.1`
3	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057808914.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808914.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808914.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:37529332`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7
`Chr4:37529354`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B23,B7,C1,C76
`Chr4:37529450`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B50,B55,B69,B76,C36
`Chr4:37529456`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B101,B128,B15,B65,B80
`Chr4:37529533`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B135,C62
`Chr4:37529550`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B91
`Chr4:37529550`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr4:37529631`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A5,C62
`Chr4:37529714`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C46
`Chr4:37533693`	`AGT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	9	A5,B14,B16,B47,B63,B72,C17,C28,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952931.1
ATGTGTGATAAGTGGTGGGGGAGGAGTAATTTTGATTGGGCTGTGAGGGAGTCAGAAGGCAGATCGGGTGGAATACTATCGGTTTGGAGCAAGGATAAGTTTGTGGCAACTAGTAAATGGAACGTGACGGGGGCTGTTATTGTTAATGGGATTTGGCTACAAGGAGGCCTGCATTGTTGTTTTGTTAATGTGTATGCGCCCATGGGAACCACCGAAAAGGAATCTTTGTGGGATACATTACAGCTCATTGCTCTTCAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023392
ATGTGTGATAAGTGGTGGGGGAGGAGTAATTTTGATTGGGCTGTGAGGGAGTCAGAAGGCAGATCGGGTGGAATACTATCGGTTTGGAGCAAGGATAAGTTTGTGGCAACTAGTAAATGGAACGTGACGGGGGCTGTTATTGTTAATGGGATTTGGCTACAAGGAGGCCTGCATTGTTGTTTTGTTAATGTGTATGCGCCCATGGGAACCACCGAAAAGGAATCTTTGTGGGATACATTACAGCTCATTGCTCTTCAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808914.1
MCDKWWGRSNFDWAVRESEGRSGGILSVWSKDKFVATSKWNVTGAVIVNGIWLQGGLHCCFVNVYAPMGTTEKESLWDTLQLIALQNKDSCLCFLGDFNAVRDPGERVGKGVVFNQADARSFDAFIRQSNLLEIRTQGRKFTWYQSGGGCKSKLDRFMVNEKWMQEWPDTVGRGLQRSVSDHCPIFLTTKTKNWGPKPFRFINSWLSHPDFCALVRKSWDEAKIEGWSCFVFKEKLKLVKSALKEWNLRIYGNIEHGLTD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器