当前解析结果
SmilChr04G002366| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002366 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002366 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G002366 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 38152966 - 38156698 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023403 |
|---|---|
| GeneID | 131023403 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023403 |
| 原始查询 | LOC131023403 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os11g0656500; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os11g0656500; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT4G23160 (CRK8)cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415] identity=56.9; qcov=0.064; evalue=2.99e-16; confidence=weak |
| Rice | Os11g0656500- identity=28.1; qcov=0.623; evalue=1.1e-63; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0015074 (DNA integration) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07727 (RVT_2); PF13976 (gag_pre-integrs); PF14223 (Retrotran_gag_2); PF22936 (Pol_BBD); PF25597 (SH3_retrovirus) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023403 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057808926.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057808926.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057808926.1 |
| 4 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057808926.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808926.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:38152969 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B125,B129,B54,C40 |
Chr4:38153025 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 14 | B103,B110,B129,B140,B71,B75,B78,B89,C10,C22,C23,C4,C7,C83 |
Chr4:38153075 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A21,B1,B54,B91,C35 |
Chr4:38153092 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C23 |
Chr4:38153158 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 30 | A20,B1,B111,B115,B118,B120,B123,B131,B14,B140,B19,B25,B41,B42,B43,B46,B47,B53,B78,B87,B97,C1,C2,C3,C36,C4,C44,C50,C86,D5 |
Chr4:38153164 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B37,B65,C13,C71,C80 |
Chr4:38153176 |
A |
AGG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 4 | B37,B65,C71,C80 |
Chr4:38153176 |
A |
AGG |
2bp_insertion | CDS_variant | 4 | B37,B65,C71,C80 |
Chr4:38153177 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr4:38153180 |
GCT |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B37,B65,C71,C80 |
Chr4:38153180 |
GCT |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 4 | B37,B65,C71,C80 |
Chr4:38153183 |
AAT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B37,B65,C71,C80 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808926.1PF14223
Retrotran_gag_2 37-187 aa
PF22936
Pol_BBD 476-522 aa
PF13976
gag_pre-integrs 551-591 aa
PF25597
SH3_retrovirus 754-796 aa
PF07727
RVT_2 901-978 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808926.1 |
Pfam | PF14223 |
Retrotran_gag_2 | Domain | 37 | 187 | 3.7e-22 | 79.6 | gag-polypeptide of LTR copia-type |
XP_057808926.1 |
Pfam | PF22936 |
Pol_BBD | Domain | 476 | 522 | 2e-10 | 41.5 | Pol polyprotein, beta-barrel domain |
XP_057808926.1 |
Pfam | PF13976 |
gag_pre-integrs | Domain | 551 | 591 | 1.4e-07 | 31.9 | GAG-pre-integrase domain |
XP_057808926.1 |
Pfam | PF25597 |
SH3_retrovirus | Domain | 754 | 796 | 8.3e-12 | 45.4 | Retroviral polymerase SH3-like domain |
XP_057808926.1 |
Pfam | PF07727 |
RVT_2 | Domain | 901 | 978 | 1.7e-20 | 74.4 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。