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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002388`

染色体: Chr04 坐标: 38405021-38406730 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002388`
名称	SmilChr04G002388
描述	uncharacterized SmilChr04G002388
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	38405021 - 38406730 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023406`
GeneID	`131023406`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023406`
原始查询	`LOC131023406`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0315200` - identity=37.9; qcov=0.342; evalue=2.5e-26; confidence=low
GO	GO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG	-
Pfam	PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF19259 (Ty3_capsid); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023406

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057808930.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057808930.1`
3	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057808930.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808930.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808930.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:38405035`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,B133,C15
`Chr4:38405044`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr4:38405051`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr4:38405053`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B39,B45,C57
`Chr4:38405078`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr4:38405119`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46
`Chr4:38405156`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B108
`Chr4:38405156`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B108
`Chr4:38405232`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B65,C36,C64
`Chr4:38405689`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B37,D3
`Chr4:38405808`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12
`Chr4:38405844`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808930.1

471 aa

236

471

PEG10_N-capsid

Ty3_capsid

Asp_protease_2

gag-asp_proteas

RVP_2

PRO_PEG10-RTL1

PF03732 PEG10_N-capsid 76-155 aa PF19259 Ty3_capsid 76-235 aa PF13650 Asp_protease_2 273-359 aa PF13975 gag-asp_proteas 273-362 aa PF08284 RVP_2 276-377 aa PF30863 PRO_PEG10-RTL1 281-377 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808930.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	76	155	2.4e-14	54.2	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057808930.1`	Pfam	`PF19259`	Ty3_capsid	Domain	76	235	1.4e-08	35.1	Ty3 transposon capsid-like protein
`XP_057808930.1`	Pfam	`PF13650`	Asp_protease_2	Domain	273	359	2.4e-05	25.7	Aspartyl protease
`XP_057808930.1`	Pfam	`PF13975`	gag-asp_proteas	Domain	273	362	3.4e-07	31.5	gag-polyprotein putative aspartyl protease
`XP_057808930.1`	Pfam	`PF08284`	RVP_2	Domain	276	377	6e-32	111.0	Retroviral aspartyl protease
`XP_057808930.1`	Pfam	`PF30863`	PRO_PEG10-RTL1	Domain	281	377	1.1e-12	49.1	PEG10/RTL1 protease domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952947.1
ATGAGGAATACACGCGCACAGTCCCACAACGCCGAGAGTTCAAATACTAATCACGAAGCAGAAGCAGGACGAACTCATCCAACAAATGGAGGAGACTTCATGGGTCAATTCTTGAGCGCTTTACAGGGTTTTGTCCAACAGCAGGCCCAAACTCAGGCTACCCAAACCGACCTAAACCGAACCTCTAACACGATAGATCAAGCTGTAGAGCGATTTCGAAACTATAATCCACCACGATTCAATGGACGTGATGGACCGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023406
ATGAGGAATACACGCGCACAGTCCCACAACGCCGAGAGTTCAAATACTAATCACGAAGCAGAAGCAGGACGAACTCATCCAACAAATGGAGGAGACTTCATGGGTCAATTCTTGAGCGCTTTACAGGGTTTTGTCCAACAGCAGGCCCAAACTCAGGCTACCCAAACCGACCTAAACCGAACCTCTAACACGATAGATCAAGCTGTAGAGCGATTTCGAAACTATAATCCACCACGATTCAATGGACGTGATGGACCGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808930.1
MRNTRAQSHNAESSNTNHEAEAGRTHPTNGGDFMGQFLSALQGFVQQQAQTQATQTDLNRTSNTIDQAVERFRNYNPPRFNGRDGPLAAEEWLEELERIFTHINCSDEQKVSCAVFQLKEDARQWWKHFYRLLGKEDRNVLNWKIFKEVVMNKYFPLSFREKKETEFFELKQGNMTIEEYERKFNELARFAPHLVDTEDKMIARFRKGLRIDIKGIMAAHVIDDFSDLVKRAEEVGTALGTNHPTSKSTNQPMKRKWENP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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