Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002413`

染色体: Chr04 坐标: 38750498-38751793 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002413`
名称	SmilChr04G002413
描述	protein ALP1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	38750498 - 38751793 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023413`
GeneID	`131023413`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023413`
原始查询	`LOC131023413`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein ALP1-like
产物	protein ALP1-like
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=53.6; qcov=0.26; evalue=9.41e-34; confidence=weak
Rice	`Os06g0597250` - identity=52.1; qcov=0.993; evalue=7.55e-148; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF28509 (DUF8418)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023413

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808937.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057808937.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057808937.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808937.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808937.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:38750508`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,C55
`Chr4:38750521`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A15
`Chr4:38750528`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B117,B12,B46,C19,C81
`Chr4:38750534`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B128
`Chr4:38750550`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C3,C49
`Chr4:38750572`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B8
`Chr4:38750573`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	18	A14,A20,A24,B1,B113,B119,B139,B3,B52,B54,B76,C16,C30,C55,C60,C65,C85,C86
`Chr4:38750582`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	10	A5,B108,B114,B44,B45,B46,B64,C32,C37,C55
`Chr4:38750600`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B114,B36,B74,C38,C75
`Chr4:38750603`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B114,B36,B74,C38,C75
`Chr4:38750613`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B14
`Chr4:38750621`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	10	B107,B44,B6,B86,B92,B93,C21,C32,C55,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808937.1

431 aa

216

431

DUF8418

Plant_tran

DDE_Tnp_4

PF28509 DUF8418 58-96 aa PF04827 Plant_tran 165-368 aa PF13359 DDE_Tnp_4 196-359 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808937.1`	Pfam	`PF28509`	DUF8418	Domain	58	96	3e-21	75.6	Domain of unknown function (DUF8418)
`XP_057808937.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	165	368	2.5e-94	315.4	Plant transposon protein
`XP_057808937.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	196	359	3.1e-09	37.3	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952954.1
ATGTCTTCCTCCTCATCAAGCCACGAGGACGAGCGACGTGCTGAAGAATTTTCCAATCTTGTACAACAATTTAACCAAATTGTTCAGGATATTGGTGATCCAGAAGAGCAACCTCGTCGTCGCCGACGAGGAGCGCGGAAGAAGGCTTTCATTCGTCGGGACCGTGAAGCCGGCGCTGTACGTTTGCACGCGGATTACTTTGATGAAAATCCGGTCTACCCCGACAACATCTTTCGCCGCCGTTTTCGGATGCGTCGTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023413
ATGTCTTCCTCCTCATCAAGCCACGAGGACGAGCGACGTGCTGAAGAATTTTCCAATCTTGTACAACAATTTAACCAAATTGTTCAGGATATTGGTGATCCAGAAGAGCAACCTCGTCGTCGCCGACGAGGAGCGCGGAAGAAGGCTTTCATTCGTCGGGACCGTGAAGCCGGCGCTGTACGTTTGCACGCGGATTACTTTGATGAAAATCCGGTCTACCCCGACAACATCTTTCGCCGCCGTTTTCGGATGCGTCGTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808937.1
MSSSSSSHEDERRAEEFSNLVQQFNQIVQDIGDPEEQPRRRRRGARKKAFIRRDREAGAVRLHADYFDENPVYPDNIFRRRFRMRRALFLRIVNAVASDPYFQQRTDATGRPGFTPLQKCTVDVRMLANGGAADQYDEYLRIAESTSLECLRRFSHVIIQLFGAEYLRRPTSADCQRLIAMHEAKHGFPGMLGSLDCMHWAWKNCPTAWQGAYTRGDQGEPTIILEAVASQDLWIWHAFFGTPGSNNDINVLNNSTLFND...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器