当前解析结果
SmilChr04G002418| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002418 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002418 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G002418 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 38793741 - 38796529 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131023415 |
|---|---|
| GeneID | 131023415 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023415 |
| 原始查询 | LOC131023415 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | ATMG00750- identity=36.1; qcov=0.113; evalue=1.34e-06; confidence=weak |
| Rice | Os04g0191000- identity=25.1; qcov=0.521; evalue=6.71e-18; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity); GO:0015074 (DNA integration) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00665 (rve); PF13456 (RVT_3); PF17921 (Integrase_H2C2); PF31073 (DUF8803) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023415 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057808939.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057808939.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057808939.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808939.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808939.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:38793746 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C1,C31 |
Chr4:38793758 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B58,C61 |
Chr4:38793759 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A6,B2,B23,B90,C79 |
Chr4:38793768 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A22,B34,C27 |
Chr4:38793774 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B44,B5 |
Chr4:38793776 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A6,B18,B5,B61,C4 |
Chr4:38793780 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C29,C34,C61 |
Chr4:38793782 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A7,B30,B68,B92 |
Chr4:38793791 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A8,B78,C25,C65 |
Chr4:38793810 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 53 | A1,A10,A11,A21,A22,A9,B11,B110,B111,B112,B114,B123,B131,B132,B135,B17,B19,B22,B24,B27,B28,B47,B5,B50,B66,B76,B89,B91,B95,B98,B99,C1,C21,C24,C29,C3,C30,C41,C42,C46,C48,C52,C54,C56,C6,C63,C64,C66,C78,C83,C9,D11,D8 |
Chr4:38793818 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A13,A21,B68,B92 |
Chr4:38793830 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B108,C23 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808939.1PF13456
RVT_3 47-165 aa
PF17921
Integrase_H2C2 203-252 aa
PF00665
rve 270-367 aa
PF31073
DUF8803 491-536 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808939.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 47 | 165 | 3.8e-16 | 59.8 | Reverse transcriptase-like |
XP_057808939.1 |
Pfam | PF17921 |
Integrase_H2C2 | Domain | 203 | 252 | 1e-09 | 39.1 | Integrase zinc binding domain |
XP_057808939.1 |
Pfam | PF00665 |
rve | Domain | 270 | 367 | 4e-19 | 69.5 | Integrase core domain |
XP_057808939.1 |
Pfam | PF31073 |
DUF8803 | Domain | 491 | 536 | 2.9e-14 | 53.3 | Domain of unknown function (DUF8803) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。