当前解析结果
SmilChr04G002534| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002534 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002534 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G002534 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 40453434 - 40454756 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131023431 |
|---|---|
| GeneID | 131023431 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023431 |
| 原始查询 | LOC131023431 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023431 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057808954.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057808954.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057808954.1 |
| 4 | Cytoplasmic granule | 细胞质颗粒 | 0.20000 | XP_057808954.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808954.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:40453440 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 65 | A18,A25,A4,B10,B105,B107,B11,B114,B115,B118,B119,B125,B131,B139,B25,B28,B3,B32,B36,B37,B39,B46,B47,B53,B56,B59,B65,B77,B78,B80,B81,B90,B92,B96,C10,C16,C21,C22,C23,C24,C25,C28,C3,C31,C33,C35,C37,C48,C5,C51,C54,C56,C65,C68,C71,C73,C74,C8,C80,C81,C83,C87,D10,D6,D8 |
Chr4:40453445 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B135,B23,B76,C48 |
Chr4:40453470 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B131,C23 |
Chr4:40453471 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A24,A4,B119,B81,D8 |
Chr4:40453479 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B22,C25,C83,D2 |
Chr4:40453526 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A25,B125,B59 |
Chr4:40453672 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C84,C9 |
Chr4:40453679 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | C37,C75,C84,C9 |
Chr4:40453679 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | C37,C75,C84,C9 |
Chr4:40453682 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | C84,C9 |
Chr4:40453682 |
C |
CG |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | C84,C9 |
Chr4:40453698 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C84,C9 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。