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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002107

染色体: Chr01 坐标: 37089875-37098408 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002107
名称SmilChr01G002107
描述membrane protein of ER body-like protein
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向37089875 - 37098408 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023432
GeneID131023432
locus_tag-
NCBI NameLOC131023432
原始查询LOC131023432

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述membrane protein of ER body-like protein
产物membrane protein of ER body-like protein
ArabidopsisAT4G27860 (MEB1)
vacuolar iron transporter (VIT) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828899]
identity=42; qcov=0.388; evalue=1.91e-37; confidence=low
RiceOs06g0103800
-
identity=40.2; qcov=0.466; evalue=1.41e-42; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023432

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057808956.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808956.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808956.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808956.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808956.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:37090188 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr1:37090243 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C12,D3
Chr1:37090428 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,B67
Chr1:37090444 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr1:37090509 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B24,C13,C85
Chr1:37090511 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B113,B25,C61
Chr1:37090512 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr1:37090867 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B24,C13,C85
Chr1:37090917 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr1:37091157 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B64
Chr1:37091157 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 B64
Chr1:37091161 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 45 A10,A18,A2,A24,A4,A8,B106,B11,B112,B12,B122,B124,B126,B139,B23,B27,B33,B34,B35,B40,B42,B43,B47,B61,B62,B70,B85,B86,B88,B89,B9,B93,C11,C26,C35,C6,C63,C67,C69,C71,C8,C83,D6,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952988.1
TTAGCATTTTGCAGTGAAAAAATTATAGTTTGGGTGATCATCACTAGTACATAATGGAAGTGGTGCACCGCCGCGTGGAGGAGGACGAGCAGCTGCTGCCGCGGCGACGACGGGCAGACTTGGCTGACCGTAGCGATGATGACGGTGGTGAAAGCAGTGATGACATGATGGATGGTGGATACGAGGTGCATCATAATGTCATATCGGATGAGAAGAGTGTCTATTTTGACGACAAAAAAGATACAAAGCTCCAATGGTCG...
XM_057952982.1
TTAGCATTTTGCAGTGAAAAAATTATAGTTTGGGTGATCATCACTAGTACATAATGGAAGTGGTGCACCGCCGCGTGGAGGAGGACGAGCAGCTGCTGCCGCGGCGACGACGGGCAGACTTGGCTGACCGTAGCGATGATGACGGTGGTGAAAGCAGTGATGACATGATGGATGGTGGATACGAGGTGCATCATAATGTCATATCGGATGAGAAGAGTGTCTATTTTGACGACAAAAAAGATACAAAGCTCCAATGGTCG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131023432
ATGGAAGTGGTGCACCGCCGCGTGGAGGAGGACGAGCAGCTGCTGCCGCGGCGACGACGGGCAGACTTGGCTGACCGTAGCGATGATGACGGTGGTGAAAGCAGTGATGACATGATGGATGGTGGATACGAGGTGCATCATAATGTCATATCGGATGAGAAGAGTGTCTATTTTGACGACAAAAAAGATACAAAGCTCCAATGGTCGGAAACCCAGAATCACGAGGAGATGTCAAAATTGGTGAACGACGTCATCAATCG...
LOC131023432
ATGGAAGTGGTGCACCGCCGCGTGGAGGAGGACGAGCAGCTGCTGCCGCGGCGACGACGGGCAGACTTGGCTGACCGTAGCGATGATGACGGTGGTGAAAGCAGTGATGACATGATGGATGGTGGATACGAGGTGCATCATAATGTCATATCGGATGAGAAGAGTGTCTATTTTGACGACAAAAAAGATACAAAGCTCCAATGGTCGGAAACCCAGAATCACGAGGAGATGTCAAAATTGGTGAACGACGTCATCAATCG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057808956.1
MEVVHRRVEEDEQLLPRRRRADLADRSDDDGGESSDDMMDGGYEVHHNVISDEKSVYFDDKKDTKLQWSETQNHEEMSKLVNDVINRQNLENFKAEILTVSTRESVVVEESDDEEVIELEFERAVEKVHTHTPYCPNCSNQITKVILRRKKKASPRPDKPLDLLGCLSCFSIFIPSGDCLNPFGLFKSKPKVETPIVEDEQPPISVGGTTTITNAGGSTRGLESPNVGPSNGVGSTTTNAPGRRLNPFKLFGSNSLLPKL...
XP_057808959.1
MEVVHRRVEEDEQLLPRRRRADLADRSDDDGGESSDDMMDGGYEVHHNVISDEKSVYFDDKKDTKLQWSETQNHEEMSKLVNDVINRQNLENFKAEILTVSTRESVVVEESDDEEVIELEFERAVEKVHTHTPYCPNCSNQITKVILRRKKKASPRPDKPLDLLGCLSCFSIFIPSGDCLNPFGLFKSKPKVETPIVEDEQPPISVGGTTTITNAGGSTRGLESPNVGPSNGVGSTTTNAPGRRLNPFKLFGSNSLLPKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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