当前解析结果
SmilChr04G002535| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002535 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002535 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G002535 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 40457012 - 40457554 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131023433 |
|---|---|
| GeneID | 131023433 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023433 |
| 原始查询 | LOC131023433 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os04g0191000- identity=29; qcov=0.806; evalue=1.09e-07; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0015074 (DNA integration) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023433 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057808955.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057808955.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057808955.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808955.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808955.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:40457033 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B16,B52,C65,C67 |
Chr4:40457049 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B52 |
Chr4:40457068 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B13,B64,B98 |
Chr4:40457113 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C68 |
Chr4:40457118 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr4:40457119 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B24,B26,B55,C41,D11 |
Chr4:40457143 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 8 | A7,A9,B39,B41,B48,B55,B58,C31 |
Chr4:40457151 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B10,B135,B64 |
Chr4:40457170 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 8 | B109,B113,B19,B94,C12,C24,C35,C52 |
Chr4:40457184 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,A8 |
Chr4:40457196 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C30,C31,C63,D11 |
Chr4:40457201 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A14,C46 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。