Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002550`

染色体: Chr04 坐标: 40785442-40786130 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002550`
名称	SmilChr04G002550
描述	uncharacterized SmilChr04G002550
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	40785442 - 40786130 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023438`
GeneID	`131023438`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023438`
原始查询	`LOC131023438`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os01g0595300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os01g0595300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G05850` (MUG7) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859] identity=22.9; qcov=0.98; evalue=2.15e-09; confidence=weak
Rice	`Os01g0595300` - identity=25.7; qcov=1; evalue=5.63e-17; confidence=low
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF04434 (SWIM)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023438

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808962.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808962.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808962.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808962.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057808962.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:40785522`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C21
`Chr4:40785691`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C16
`Chr4:40785794`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B95,C68,C84
`Chr4:40785810`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,B113,B93
`Chr4:40785833`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139
`Chr4:40785854`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B112,B136,B140,B31
`Chr4:40785867`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B137,C82
`Chr4:40785867`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B137,C82
`Chr4:40785911`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B23
`Chr4:40785912`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B23
`Chr4:40785912`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B23
`Chr4:40785918`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,B101,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808962.1

205 aa

102

205

SWIM

PF04434 SWIM 66-95 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808962.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	66	95	3.9e-05	23.8	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952979.1
ATGTTGGAGGCAGTCAGATTAGTTGTCGAGCAGTGGTTCAACGACAGGCTTGCGGCCGCACAAGAGAGCGATGAAAATCTGACTCCGGAGGCAAAACAGAAGCTCAGTGCAGAACTTGTAAAAAGTCGTCGTTACACAGCCAAGAGGACCACCGAGAGAAAATACAGGGTTCGTGCTAGTGGTCGCCATTATATGGTTGACCTTCAAAAGCAGAGCTGTGAATGCAACGAATTCAACGAGGACCAGATGCCGTGTTCTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023438
ATGTTGGAGGCAGTCAGATTAGTTGTCGAGCAGTGGTTCAACGACAGGCTTGCGGCCGCACAAGAGAGCGATGAAAATCTGACTCCGGAGGCAAAACAGAAGCTCAGTGCAGAACTTGTAAAAAGTCGTCGTTACACAGCCAAGAGGACCACCGAGAGAAAATACAGGGTTCGTGCTAGTGGTCGCCATTATATGGTTGACCTTCAAAAGCAGAGCTGTGAATGCAACGAATTCAACGAGGACCAGATGCCGTGTTCTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808962.1
MLEAVRLVVEQWFNDRLAAAQESDENLTPEAKQKLSAELVKSRRYTAKRTTERKYRVRASGRHYMVDLQKQSCECNEFNEDQMPCSHAIAAITEANESVEDYVHSYYWNSSLVDTYSGDVNHLPPIENWNIPFQIASQLVLPNLSRRQAGRPKETRVRSAGERPTQNTSTAEASTSSKKRAPKTCGLCGGSGHTRRSCKGTATDA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器