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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002591

染色体: Chr04 坐标: 41325877-41327651 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002591
名称SmilChr04G002591
描述uncharacterized SmilChr04G002591
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向41325877 - 41327651 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023445
GeneID131023445
locus_tag-
NCBI NameLOC131023445
原始查询LOC131023445

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023445

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057808969.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057808969.1
3 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057808969.1
4 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.20000 XP_057808969.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808969.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:41325893 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B22,C11,C69
Chr4:41325904 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr4:41325907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr4:41325914 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:41325918 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:41325922 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C14,C18,C24,D2
Chr4:41325946 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,B69,B78
Chr4:41325957 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B34,B69,B78,D10
Chr4:41325966 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D4,D6
Chr4:41325968 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 3 B34,B69,B78
Chr4:41325968 CT C 1bp_deletion CDS_variant 3 B34,B69,B78
Chr4:41326003 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B22,C11,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952986.1
ATGAGTGCCAATGTTTCGAGTGGGACCCACCATCTCCTGTATGCCATTGAGGCTGGTCTTCAAGGGCTCGGCGCTGATCAATTTGTACGACAGGTTGCATTAAGTTCTGCGGTTGGCATTGGGATCAGTGGAGATCTTCCTCAGTCGACACTGCCCTCTCTGTTGTCGAATCTGGCGAGCGTGTTGTTCCTAGGGCTATTCATGTCGATCATCCCTGACGAGCATGATCGAGCTGCGGTGGAGCGACATGAGCATCGAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023445
ATGAGTGCCAATGTTTCGAGTGGGACCCACCATCTCCTGTATGCCATTGAGGCTGGTCTTCAAGGGCTCGGCGCTGATCAATTTGTACGACAGGTTGCATTAAGTTCTGCGGTTGGCATTGGGATCAGTGGAGATCTTCCTCAGTCGACACTGCCCTCTCTGTTGTCGAATCTGGCGAGCGTGTTGTTCCTAGGGCTATTCATGTCGATCATCCCTGACGAGCATGATCGAGCTGCGGTGGAGCGACATGAGCATCGAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808969.1
MSANVSSGTHHLLYAIEAGLQGLGADQFVRQVALSSAVGIGISGDLPQSTLPSLLSNLASVLFLGLFMSIIPDEHDRAAVERHEHRGAMEKRTVLGDRGSVSAPLRRVPGFPEDAGGAGQQLHGDVESGGRRGVRRSVHVQVDDGADNNHFSTL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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