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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002110

染色体: Chr01 坐标: 37152762-37155118 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002110
名称SmilChr01G002110
描述RPM1-interacting protein 4-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向37152762 - 37155118 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023467
GeneID131023467
locus_tag-
NCBI NameLOC131023467
原始查询LOC131023467

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RPM1-interacting protein 4-like
产物RPM1-interacting protein 4-like
ArabidopsisAT3G25070 (RIN4)
RPM1 interacting protein 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822098]
identity=36.7; qcov=1.04; evalue=7.16e-33; confidence=medium
RiceOs03g0848600
-
identity=34.9; qcov=1.08; evalue=1.06e-29; confidence=low
GO-
KEGGsmil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF05627 (AvrRpt-cleavage)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023467

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057808993.1
2 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057809002.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808993.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808993.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808993.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:37153200 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr1:37153243 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B33,B99,C25,C35,D11
Chr1:37153257 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C10,C40
Chr1:37153624 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:37153654 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,B27,B60
Chr1:37153803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,B41
Chr1:37153807 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 1 B52
Chr1:37153807 C CG 1bp_insertion CDS_variant 1 B52
Chr1:37153810 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B52
Chr1:37153810 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B52
Chr1:37153813 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B52
Chr1:37153813 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808993.1
260 aa
N
1
130
260
AvrRpt-cleavage
AvrRpt-cleavage
C
PF05627 AvrRpt-cleavage 4-34 aa PF05627 AvrRpt-cleavage 186-219 aa
XP_057808998.1
258 aa
N
1
129
258
AvrRpt-cleavage
AvrRpt-cleavage
C
PF05627 AvrRpt-cleavage 3-32 aa PF05627 AvrRpt-cleavage 184-217 aa
XP_057809002.1
252 aa
N
1
126
252
AvrRpt-cleavage
AvrRpt-cleavage
C
PF05627 AvrRpt-cleavage 4-34 aa PF05627 AvrRpt-cleavage 186-219 aa
XP_057809006.1
250 aa
N
1
125
250
AvrRpt-cleavage
AvrRpt-cleavage
C
PF05627 AvrRpt-cleavage 3-32 aa PF05627 AvrRpt-cleavage 184-217 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808993.1 Pfam PF05627 AvrRpt-cleavage Domain 4 34 1.1e-28 98.9 Cleavage site for pathogenic type III effector avirulence factor Avr
XP_057808993.1 Pfam PF05627 AvrRpt-cleavage Domain 186 219 1.1e-28 98.9 Cleavage site for pathogenic type III effector avirulence factor Avr
XP_057808998.1 Pfam PF05627 AvrRpt-cleavage Domain 3 32 7.7e-29 99.5 Cleavage site for pathogenic type III effector avirulence factor Avr
XP_057808998.1 Pfam PF05627 AvrRpt-cleavage Domain 184 217 7.7e-29 99.5 Cleavage site for pathogenic type III effector avirulence factor Avr
XP_057809002.1 Pfam PF05627 AvrRpt-cleavage Domain 4 34 1e-28 99.1 Cleavage site for pathogenic type III effector avirulence factor Avr
XP_057809002.1 Pfam PF05627 AvrRpt-cleavage Domain 186 219 1e-28 99.1 Cleavage site for pathogenic type III effector avirulence factor Avr
XP_057809006.1 Pfam PF05627 AvrRpt-cleavage Domain 3 32 7e-29 99.6 Cleavage site for pathogenic type III effector avirulence factor Avr
XP_057809006.1 Pfam PF05627 AvrRpt-cleavage Domain 184 217 7e-29 99.6 Cleavage site for pathogenic type III effector avirulence factor Avr

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953019.1
GTGAAGACTTGGTTAATGCCTTGAGAGGGAGAGAATAGTCAACCATGAGCTGTGGCACTCGGTCAACGGTTGATCAACCTCTCACCTCTTCTTCTTATTTAGACATCAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATTGAAGTTGGTGGGAGCTTTCAGCGTTACGTGCTATTTCGTGTTTTGGGTTGATAAGAAAGACACCATTTTCTCCTCTGCTGCTTTCTGGGTTTTGAAGCTGAACAAAAATGGCGA...
XM_057953010.1
GCCTTGAGAGGGAGAGAATAGTCAACCATGAGCTGTGGCACTCGGTCAACGGTTGATCAACCTCTCACCTCTTCTTCTTATTTAGACATCAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATTGAAGTTGGTGGGAGCTTTCAGCGTTACGTGCTATTTCGTGTTTTGGGTTGATAAGAAAGACACCATTTTCTCCTCTGCTGCTTTCTGGGTTTTGAAGCTGAACAAAAATGGCGAAGCAGCGGTCAAATGTG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131023467
ATGGCGCGGTCAAATGTGCCAAAATTTGGCAACTGGGAAAACGAACAAAATGATGTTCCTTACACGGTTTACTTCAACAATGCAAGGAAAAATAAGGGAGGAAAGATGATAAATCCAAACGATCCTCTAGAGAATCCAGAGATGTTTGCTCATCTAGAACCTTCGCCTCTTGCTGCTGCCGCTCCTCCGACTCCTCCACAAAAACCGAGAGCCAGGCCAGAGGAGCCAATCGGGAGAGGGGCCGTGAGGCCCGCCCCCGA...
LOC131023467
ATGGCGAAGCAGCGGTCAAATGTGCCAAAATTTGGCAACTGGGAAAACGAACAAAATGATGTTCCTTACACGGTTTACTTCAACAATGCAAGGAAAAATAAGGGAGGAAAGATGATAAATCCAAACGATCCTCTAGAGAATCCAGAGATGTTTGCTCATCTAGAACCTTCGCCTCTTGCTGCTGCCGCTCCTCCGACTCCTCCACAAAAACCGAGAGCCAGGCCAGAGGAGCCAATCGGGAGAGGGGCCGTGAGGCCCGC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057808993.1
MAKQRSNVPKFGNWENEQNDVPYTVYFNNARKNKGGKMINPNDPLENPEMFAHLEPSPLAAAAPPTPPQKPRARPEEPIGRGAVRPAPDQRDGDFRQINSSSTRNEPNYGGRGRGQRSARSARPPSAGSELSFERSPLHPQPRPQANAVARATGSPAWEGPRSHDSSHGTPSRSRLRPVRPDESHEKGAAVPRFGEWDENDPQSAENFTHIFNKVREDRNMSEAGNGSTTPKHPSYAPQRSNEPKVRPTSSIYLSISSNL
XP_057808998.1
MARSNVPKFGNWENEQNDVPYTVYFNNARKNKGGKMINPNDPLENPEMFAHLEPSPLAAAAPPTPPQKPRARPEEPIGRGAVRPAPDQRDGDFRQINSSSTRNEPNYGGRGRGQRSARSARPPSAGSELSFERSPLHPQPRPQANAVARATGSPAWEGPRSHDSSHGTPSRSRLRPVRPDESHEKGAAVPRFGEWDENDPQSAENFTHIFNKVREDRNMSEAGNGSTTPKHPSYAPQRSNEPKVRPTSSIYLSISSNL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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