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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002715

染色体: Chr04 坐标: 42760769-42762303 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002715
名称SmilChr04G002715
描述uncharacterized SmilChr04G002715
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向42760769 - 42762303 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023469
GeneID131023469
locus_tag-
NCBI NameLOC131023469
原始查询LOC131023469

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G43760 (AT1G43760)
DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968]
identity=27.1; qcov=0.788; evalue=5.92e-41; confidence=low
RiceOs06g0484800
-
identity=25.4; qcov=0.841; evalue=8.66e-44; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023469

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808994.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057808994.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057808994.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808994.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808994.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:42761253 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr4:42761323 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B5,C16,C49
Chr4:42761331 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr4:42761338 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,B91
Chr4:42761339 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr4:42761383 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr4:42761385 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B83
Chr4:42761385 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83
Chr4:42761499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B84,B90,C31
Chr4:42761500 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B115,B91
Chr4:42761517 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B11
Chr4:42761584 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,A24,B115,B70,B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953011.1
ATGGCTTTTCATAATTGCCCTGCTTCTTTTTGGCGTTCTTTGAATGTGGTTCCTTGTCATCAGAACTCCAGAGTTGATATGTGTTCGAATATTTGGGTGTTCGTTCATCCTGTTGTTTCTGTCAGAATTGAGTTATCTACTGATCAGGTTGTTTTATTGAGTTGTGTTTGGCTTCATCATAACTTTAGAGTTGCTGTGGTTCACGGCTCAAACTCTCATATTGAACGGCGCACTCTGTGGCTGGATTTGCTGAATTATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023469
ATGGCTTTTCATAATTGCCCTGCTTCTTTTTGGCGTTCTTTGAATGTGGTTCCTTGTCATCAGAACTCCAGAGTTGATATGTGTTCGAATATTTGGGTGTTCGTTCATCCTGTTGTTTCTGTCAGAATTGAGTTATCTACTGATCAGGTTGTTTTATTGAGTTGTGTTTGGCTTCATCATAACTTTAGAGTTGCTGTGGTTCACGGCTCAAACTCTCATATTGAACGGCGCACTCTGTGGCTGGATTTGCTGAATTATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808994.1
MAFHNCPASFWRSLNVVPCHQNSRVDMCSNIWVFVHPVVSVRIELSTDQVVLLSCVWLHHNFRVAVVHGSNSHIERRTLWLDLLNYFDGQTVFIGDFNAVKGAHERISSRLPNAAACREFNDFIAASGFVEPQTSGLRFTWSGRRFMPSHVESVLDRAIISTSFFDKWQSITSHALPRVTSDHAPLVLICCQAKQTSRCFFKFLHMWTSHPDFESFVEKSWRDTVDTRCPIYRVMFKLKRLRKELQNWNRTVFGNVDISI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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