Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002771`

染色体: Chr04 坐标: 43493622-43494257 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002771`
名称	SmilChr04G002771
描述	uncharacterized SmilChr04G002771
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	43493622 - 43494257 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023478`
GeneID	`131023478`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023478`
原始查询	`LOC131023478`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836678]; symbol=AT5G65520; hit=AT5G65520; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836678]; symbol=AT5G65520; hit=AT5G65520; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G65520` (AT5G65520) Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836678] identity=45.9; qcov=0.929; evalue=8.95e-56; confidence=high
Rice	`Os02g0204000` - identity=45.9; qcov=0.991; evalue=4.82e-27; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF13181 (TPR_8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023478

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.40000	`XP_057809004.1`
2	Endoplasmic reticulum	内质网	0.40000	`XP_057809004.1`
3	Mitochondrion membrane	线粒体膜	0.20000	`XP_057809004.1`
4	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057809004.1`
5	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.20000	`XP_057809004.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:43493691`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B16,C44,C52
`Chr4:43493730`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B16,B22,C44,C52
`Chr4:43493857`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88
`Chr4:43493889`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr4:43493925`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B96
`Chr4:43493925`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B96
`Chr4:43493927`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr4:43494143`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr4:43494144`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B10,B81,C6,D11
`Chr4:43494225`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B25,C14,C18,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809004.1

211 aa

106

211

TPR_8

PF13181 TPR_8 167-198 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809004.1`	Pfam	`PF13181`	TPR_8	Repeat	167	198	1.8e-08	34.5	Tetratricopeptide repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953021.1
ATGGAGAGAGACGTGGCAATTCAATTGGGAATCCTGATCTTGACCGTGGCCATCTTCTACGTCCTTCACACCCTCCCGAAGCGGGCCTTCTCAAAGCTCCGGTCCAGAGCCCGCCCCAACAACCAGGCTCACCGCCACTTCATCCAAGGGGCCCAGCTCCTCGCCCGAGCCCGATCTACCAAGACCAAGTCCACCTCCGTCAACCTCGCCAAATCCGCCGTCGACGAGGCCGACAAGGCGCTCGCCCTCGACCCCCGCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023478
ATGGAGAGAGACGTGGCAATTCAATTGGGAATCCTGATCTTGACCGTGGCCATCTTCTACGTCCTTCACACCCTCCCGAAGCGGGCCTTCTCAAAGCTCCGGTCCAGAGCCCGCCCCAACAACCAGGCTCACCGCCACTTCATCCAAGGGGCCCAGCTCCTCGCCCGAGCCCGATCTACCAAGACCAAGTCCACCTCCGTCAACCTCGCCAAATCCGCCGTCGACGAGGCCGACAAGGCGCTCGCCCTCGACCCCCGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809004.1
MERDVAIQLGILILTVAIFYVLHTLPKRAFSKLRSRARPNNQAHRHFIQGAQLLARARSTKTKSTSVNLAKSAVDEADKALALDPRDPAAHILKAMAETLMGRKASALKSLDVALSPPAVKMLSEREKGDALMRRADLLIGLNRKRRVDSAIADLVEAVGLSPDNSRAFCLLGHCYQIKEMRGEAQTAFQKALQLEPDLKEAHDGLARLAS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器