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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002824

染色体: Chr04 坐标: 44311592-44311990 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002824
名称SmilChr04G002824
描述uncharacterized SmilChr04G002824
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向44311592 - 44311990 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023488
GeneID131023488
locus_tag-
NCBI NameLOC131023488
原始查询LOC131023488

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023488

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057809014.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057809014.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809014.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809014.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809014.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:44311598 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:44311606 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,C32,C65
Chr4:44311613 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,C32,C65
Chr4:44311614 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B130,B63,C53
Chr4:44311622 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B68,C9
Chr4:44311702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B130,B63,C53
Chr4:44311713 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 47 A11,A14,A22,A23,A7,A8,B104,B107,B111,B118,B123,B15,B18,B19,B2,B23,B25,B38,B39,B45,B56,B6,B61,B62,B69,B70,B78,B79,B91,B96,C14,C18,C21,C35,C40,C58,C62,C63,C65,C67,C71,C72,C76,C84,C87,D1,D2
Chr4:44311749 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B68,C9
Chr4:44311756 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr4:44311767 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr4:44311814 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B68,C9
Chr4:44311827 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B107,B130,B63,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953031.1
ATGTGGGAAGTCATCACCGATGGACCAATCGTCATCACCGAAGTGGTCAAGAGGATTCCAATGGACATGACAAGAGATCCATTTGATGAAATCCAAATCAACTTAAAGGCCGACTTCACCACAAAAGAAAAAAAGCAAGATGAGCTCGATAATCTTGCCAAAAGCATCATCTCCGGAACTGTCCCAGACAAGCACGTCACCAAAATCATCAAGTTCAAGCCGGCAAAGAAGATGTGGAACATTCTTGAAGGAATATGCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023488
ATGTGGGAAGTCATCACCGATGGACCAATCGTCATCACCGAAGTGGTCAAGAGGATTCCAATGGACATGACAAGAGATCCATTTGATGAAATCCAAATCAACTTAAAGGCCGACTTCACCACAAAAGAAAAAAAGCAAGATGAGCTCGATAATCTTGCCAAAAGCATCATCTCCGGAACTGTCCCAGACAAGCACGTCACCAAAATCATCAAGTTCAAGCCGGCAAAGAAGATGTGGAACATTCTTGAAGGAATATGCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809014.1
MWEVITDGPIVITEVVKRIPMDMTRDPFDEIQINLKADFTTKEKKQDELDNLAKSIISGTVPDKHVTKIIKFKPAKKMWNILEGICIGSEEIKENKLSISCQKFDSFLMLKNESVEEMELRFNLVSNEVKIY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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