Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002114`

染色体: Chr01 坐标: 37179963-37182429 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002114`
名称	SmilChr01G002114
描述	uncharacterized SmilChr01G002114
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	37179963 - 37182429 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023499`
GeneID	`131023499`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023499`
原始查询	`LOC131023499`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Sterile alpha motif (SAM) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819904]; symbol=AT3G07170; hit=AT3G07170; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Sterile alpha motif (SAM) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819904]; symbol=AT3G07170; hit=AT3G07170; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G07170` (AT3G07170) Sterile alpha motif (SAM) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819904] identity=54.5; qcov=1; evalue=7.84e-66; confidence=high
Rice	`Os04g0378200` - identity=48.9; qcov=1.04; evalue=2.33e-55; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00536 (SAM_1); PF07647 (SAM_2); PF30784 (SAM_7)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023499

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809027.1`
2	Nuclear speckle	核斑点	1.00000	`XP_057809027.1`
3	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057809027.1`
4	Chromatin	染色质	0.20000	`XP_057809027.1`
5	Nuclear body	核内小体	0.20000	`XP_057809027.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:37180192`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B101,B108,B135,C23,D11
`Chr1:37180799`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr1:37181287`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19
`Chr1:37181305`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B36
`Chr1:37181501`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809027.1

211 aa

106

211

SAM_7

SAM_1

SAM_2

PF30784 SAM_7 128-202 aa PF00536 SAM_1 149-206 aa PF07647 SAM_2 151-205 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809027.1`	Pfam	`PF30784`	SAM_7	Domain	128	202	3.7e-06	28.0	SAM-like domain
`XP_057809027.1`	Pfam	`PF00536`	SAM_1	Domain	149	206	1.2e-14	55.1	SAM domain (Sterile alpha motif)
`XP_057809027.1`	Pfam	`PF07647`	SAM_2	Domain	151	205	6.4e-11	43.0	SAM domain (Sterile alpha motif)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953044.1
ATATATATACATATACTCCATAAAACTCCGAAAAGGGCTGGCGTATCGGGTTTTCTGCATTTTCCCTAAAATTGCATTCGCTCCTTCTCTCACAACCACGCAGCAACATTTTTTCCCCCCTTCTCCCTTTTGATTTGCCAATTCGGGATTTTGGGTTGGGACTTAGGGTTTTTGAGCTGGAAATTTTTTGGCGATTTTAGTACACAATGTACGCTGATCAAATTGAGGCTCAAGCTAATAGGTCGGTCAAGGATCGCCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023499
ATGTACGCTGATCAAATTGAGGCTCAAGCTAATAGGTCGGTCAAGGATCGCCTTGAAGGAAATTCCGCCGCCGGTCCCGGCCGCCGCAGAACTATCTCCGGCAAGAGACAAAGAGAAGACGATGACAAATGGGAACATGACCTTTTCGAGGGCAGCGAACCCCAAGTCTCAGGTCGAAAGGTTGGTGTCAGAGATCTTCGCCTGAAGCTCCAAAGAAAGAGTATCGAGCAAGCTTCACAAAGTGGGCGGGGACCTGGAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809027.1
MYADQIEAQANRSVKDRLEGNSAAGPGRRRTISGKRQREDDDKWEHDLFEGSEPQVSGRKVGVRDLRLKLQRKSIEQASQSGRGPGGGRDLREKLSGALYSRPVEYKPPAVRPKPATETSRPPRKSVVAQAPASEAKVSSSVSKKKVQQKVDSVESFLQSLGLDKYSITFQAEEVDMAALVHMSDEDLKAMGIPMGPRKKILLELESKRDD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器