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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002905

染色体: Chr04 坐标: 45323556-45324494 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002905
名称SmilChr04G002905
描述uncharacterized SmilChr04G002905
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向45323556 - 45324494 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023502
GeneID131023502
locus_tag-
NCBI NameLOC131023502
原始查询LOC131023502

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os11g0282700; species=rice; confidence=low
产物hit=Os11g0282700; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G66235 (AT1G66235)
no-apical-meristem-associated carboxy-terminal domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842939]
identity=21.2; qcov=0.423; evalue=2.78e-08; confidence=weak
RiceOs11g0282700
-
identity=26.1; qcov=0.772; evalue=1.2e-16; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023502

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057809028.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809028.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809028.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057809028.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057809028.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:45323585 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:45323603 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr4:45323613 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr4:45323681 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 58 A14,A16,A21,A22,A3,A4,B101,B105,B119,B12,B121,B123,B124,B134,B135,B137,B140,B16,B24,B26,B29,B30,B41,B51,B53,B56,B59,B63,B65,B71,B78,B81,B83,B86,B89,B93,B98,C12,C20,C21,C22,C24,C26,C30,C38,C44,C45,C46,C47,C5,C52,C53,C58,C60,C65,C84,C85,C86
Chr4:45323713 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C16,D3,D7
Chr4:45323714 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B3,B67,C50
Chr4:45323718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B81
Chr4:45323721 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr4:45323741 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B17,C11,C69
Chr4:45323753 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,A22,C36,C9
Chr4:45323788 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr4:45323826 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B81,C6,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953045.1
ATGGAAGGTGATTGGAGAAATTATTGGCGTGAACACCCCCAAAATCCATCTCCCGGCGAATCAAATGCATCCGGCCAAGGATTCTCGCCGTTCACGCAAGAATCAAATGCCTTTCAAGCGGCCACCAATTTGAACGCTCAATTTGCCACGGCAGCTGACCCCGAGCCCGACGTGGAGGAGATTACTTCTATGCCGGCGACCACCAAACAACGTGGAAACTACTATCCGCCGGAAACAATACTCATATGTCGTTTGTATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023502
ATGGAAGGTGATTGGAGAAATTATTGGCGTGAACACCCCCAAAATCCATCTCCCGGCGAATCAAATGCATCCGGCCAAGGATTCTCGCCGTTCACGCAAGAATCAAATGCCTTTCAAGCGGCCACCAATTTGAACGCTCAATTTGCCACGGCAGCTGACCCCGAGCCCGACGTGGAGGAGATTACTTCTATGCCGGCGACCACCAAACAACGTGGAAACTACTATCCGCCGGAAACAATACTCATATGTCGTTTGTATCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809028.1
MEGDWRNYWREHPQNPSPGESNASGQGFSPFTQESNAFQAATNLNAQFATAADPEPDVEEITSMPATTKQRGNYYPPETILICRLYLEHTHDSVVGIDQKGNEYWGAICTAYNAQRPKGAIPRDIKQIKSHFQRVAKDCKRWEALYKKFRDNWASGMSDGQIIEQTEKMWIVEFRAKFRYPYAWKVLHESKKFGSISEDVHSDIHSDKRSKGSDGHGTTTSSDQSISTRPQGQKAAKRDKEKGKKKAETSKANAQALGYM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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