当前解析结果
SmilChr04G003020| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003020 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003020 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G003020 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 46603619 - 46605095 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023517 |
|---|---|
| GeneID | 131023517 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023517 |
| 原始查询 | LOC131023517 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=32.1; qcov=0.379; evalue=2.63e-20; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF24964 (DUF7769) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023517 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057809045.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057809045.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057809045.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057809045.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057809045.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:46603759 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B35,C82 |
Chr4:46603761 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C30 |
Chr4:46603785 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C64 |
Chr4:46603838 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C12 |
Chr4:46604052 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B129,B40,C52,D11 |
Chr4:46604098 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B68,D6 |
Chr4:46604105 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:46604171 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B68 |
Chr4:46604316 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B135,B94 |
Chr4:46604331 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B135,B94 |
Chr4:46604343 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B103 |
Chr4:46604379 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B40,C52 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057809045.1PF24964
DUF7769 6-60 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057809045.1 |
Pfam | PF24964 |
DUF7769 | Domain | 6 | 60 | 1.2e-09 | 38.4 | Domain of unknown function (DUF7769) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。