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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003036

染色体: Chr04 坐标: 46845670-46846062 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003036
名称SmilChr04G003036
描述uncharacterized SmilChr04G003036
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向46845670 - 46846062 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023521
GeneID131023521
locus_tag-
NCBI NameLOC131023521
原始查询LOC131023521

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825439]; symbol=AT3G62650; hit=AT3G62650; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825439]; symbol=AT3G62650; hit=AT3G62650; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G62650 (AT3G62650)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825439]
identity=30.2; qcov=0.992; evalue=3.11e-10; confidence=low
RiceOs05g0576600
-
identity=41; qcov=0.6; evalue=3.52e-07; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023521

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057809049.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809049.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809049.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809049.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057809049.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:46845696 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,A22,B103,B106,C67
Chr4:46845867 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B67,C21,C82
Chr4:46845915 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953066.1
ATGGAAATAACACCGTTGAATGGAAGCGTGGTGAGCAGGAGGTGGAGGAAGAGAGGGTACAGCAGACTGTCGCCGACAAACCGGAGAAGCCTGAAAGTGGTGAGGCTGAACAGCTCGAAGCGTTCATGGAGGCTGCGGCTGGCGCCGAAGCTGCGGCTGATGAGGCTGGCTTCGCCGCTAAAACTGTGGTACAAATTCAAGAACGCCTACATGAGTATGATGCTCAAGTTCGCCCACACCACGGGCACCTCCGACGCCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023521
ATGGAAATAACACCGTTGAATGGAAGCGTGGTGAGCAGGAGGTGGAGGAAGAGAGGGTACAGCAGACTGTCGCCGACAAACCGGAGAAGCCTGAAAGTGGTGAGGCTGAACAGCTCGAAGCGTTCATGGAGGCTGCGGCTGGCGCCGAAGCTGCGGCTGATGAGGCTGGCTTCGCCGCTAAAACTGTGGTACAAATTCAAGAACGCCTACATGAGTATGATGCTCAAGTTCGCCCACACCACGGGCACCTCCGACGCCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809049.1
MEITPLNGSVVSRRWRKRGYSRLSPTNRRSLKVVRLNSSKRSWRLRLAPKLRLMRLASPLKLWYKFKNAYMSMMLKFAHTTGTSDAALGAKRIPKARQPAMAYSRTEFENRLVLEIYKSMVASLELGYHK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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